Перше писемне свідчення про Києво-Подільський монастир в ім'я святих мучеників Флора і Лавра — підтверджувальна грамота 1566 короля Сигізмунда ІІ Августа на право володіння ним панами Гулькевичами — отримане, як сказано в документі, «здавна». Текст документа пояснює, що протопоп Яків (Гулькевич), намісник собору Святої Софії у 1560-х рр., став господарем цього монастиря за князя К. Острозького — київського воєводи у 1559—1608. На відправлення богослужіння у церкві святих мучеників Флора і Лавра його благословив владика Сильвестр (Бількевич), який посідав митрополичу кафедру в 1556—68. Отже, господарем монастиря Яків (Гулькевич) міг стати не раніше 1559. Оскільки перепис київських церков і монастирів 1543 не згадує Флоро-Лаврську обитель, достеменну її історію можна вести саме з моменту затвердження на неї прав Якова (Гулькевича), котрий, за свідченням онука, заклав там церкву і розбудував монастир. Наступним власником монастиря став син Якова (Гулькевича) Богуш, який заступив батька і на посаді митрополичого намісника (бл. 1575—89). Його називали чи не найкращим намісником у резиденції митрополитів. Можна припустити, що й Флоро-Лаврський монастир не бідував при хазяйновитому господарі, хоча прямих даних про якесь будівництво тут при ньому не залишилося. Відомо, що всі споруди жіночого монастиря були дерев'яні і займали невелику територію під Замковою горою.

Становище змінилося при сині Богуша — Іоанні — ченці Києво-Печерської лаври, який 1642 відмовився від спадкових прав на володіння монастирем на користь ігумені та черниць. Перша дерев'яна церква в ім'я святих мучеників Флора і Лавра прийшла у жалюгідний стан, а пожежа 1639 довершила руйнівну справу часу, про що залишилося свідоцтво ігумені Єфросинії (Ульської). Її наступниця, Агафія (Гуменицька), ігуменя з поч. 1640-х рр. до 1656, походила з заможної родини і мала підтримку в особі рідного брата — київського судді Ф. Гуменицького. Ще під час володіння монастирем Іоанном (Гулькевичем) родина Гуменицьких вклала значні кошти у відбудову обителі після пожежі, зокрема, відновлення церкви і розширення території садиби приєднанням сусідніх ділянок. Після отримання права господарювати самостійно, ігуменя закріпила за монастирем викуплені ділянки королівським привілеєм. Так з'явилася грамота 1646 польського короля Владислава IV на право володіння ігумені з сестрами збільшеною територією. Ймовірно, наступною спорудою в новій огорожі монастиря стала нова церква, зведена подалі від пагорба, який загрожував зсувами.
На поч. серпня 1651 пожежа практично знищила обитель, яку до 1655 було відбудовано, в грудні 1660 підтверджено права монастиря на всі його вотчини грамотою московського царя Олексія Михайловича. Підтримували монастир і українські гетьмани П. Тетеря, П. Дорошенко, Д. Многогрішний.
1682 названо дві дерев'яні церкви монастиря — Флорівську і Лаврську. На плані 1695 полковника І. Ушакова зафіксовано розташування споруд в огородженій тином садибі Флорівського монастиря. Одразу за Святою брамою — головним входом до монастиря — позначена дерев'яна церква, яка закриває собою ще один храм. Зображення останнього дає підстави деяким дослідникам ототожнювати його з мурованою Трапезною, що збереглася донині (рік будівництва достеменно невідомий). Обабіч храмів накреслено два рівні ряди чернечих келій. Решта житлових і господарських приміщень розміщувалася на південній ділянці, що тягнулася до узвозу на гору Киселівку. Ділянка на північ від храмів монастирю не належала, — там позначено парафіяльну Василівську церкву, побудовану коштом гетьмана П. Сагайдачного (у 18 ст. потрапила в монастирську огорожу, згоріла 1811, на згадку про неї в обителі було встановлено пам'ятний знак; не зберігся).
На поч. 18 ст. до Флоро-Лаврського монастиря перевели черниць печерської Вознесенської обителі. У той час на флорівському подвір'ї щойно закінчилося будівництво великої мурованої церкви в ім'я Вознесіння Господнього, проведене коштом гетьмана І. Мазепи. Після поєднання маєтків двох монастирів відновили і розширили дерев'яну соборну церкву святих мучеників Фло-ра і Лавра. Один з бічних вівтарів присвятили Вознесінню Господньому. 1718 майже всі споруди монастиря згоріли, було пошкоджено муровану Трапезну. 1722—32 на місці соборної церкви по-будували великий мурований храм Вознесіння Господнього. Тоді жіночий монастир на Подолі отримав подвійну назву — Вознесенський (Флорівський). 1759 коштом княгині Н. Долгорукової (в чернецтві — Нектарія) проведено капітальний ремонт Трапезної церкви, на другому поверсі освячено вівтар святих мучеників Флора і Лавра (замість вівтаря в ім'я св. Олександра Невського). Княгиня також побудувала дерев'яну церкву Воскресіння Ісуса Христа з келіями при ній і мури навколо монастиря (окрім західної частини, де вздовж пагорба стояв дерев'яний паркан).
До мурованих споруд 18 ст. належить і дзвіниця з головною (Святою) брамою в нижньому ярусі, зведена на місці старої дерев'яної.
На межі 18—19 ст. монастир займав невелику ділянку складної конфігурації. Найзначніші муровані споруди — собор, дзвіниця і Трапезна — містилися в центральній частині садиби, орієнтовані по осі схід—захід. З усіх боків їх оточували невеликі дерев'яні будівлі житлового та службово-господарського призначення. У липні 1811 пожежа на Подолі знищила майже всі дерев'яні будівлі Флорівського монастиря та заподіяла велику шкоду мурованим. Одразу після пожежі флорівські черниці були переведені у Микільський Пустинний монастир на Печерську.

Генеральний план

1. Святих мучеників Флора і Лавра (св. Миколи Мірлікійського) церква («Стара» Трапезна) (див. ст. 532.1).
2. Вознесіння Господнього собор (див. ст. 532.2).
3. Дзвіниця (див. ст. 532.3).
4. Будинок Амосової Н. О. (келії) (див. ст. 532.4).
5. Будинок Артинова І. (див. ст. 532.5).
6. Будинок ігумені (див. ст. 532.6).
7. Воскресіння Ісуса Христа церква (див. ст. 532.7).
8. Казанської ікони Пресвятої Богородиці церква (див. ст. 532.8).
9. Келії. Корпус № 1 (див. ст. 532.9).
10. Келії. Корпус № 2 (див. ст. 532.10).
11. Келії. Корпус № 4 (див. ст. 532.11).
12. Келії. Корпус № 5 (див. ст. 532.12).
13. Келії. Корпус № 6 (див. ст. 532.13).
14. Келії. Корпус № 7 (див. ст. 532.14).
15. Келії. Корпус № 8 (див. ст. 532.15).
16. Келії. Корпус № 9 (див. ст. 532.16).
17. Келії. Корпус № 10 (див. ст. 532.17).
18. «Нова» Трапезна та готель. Корпус № 11 (див. ст. 532.18).
19. Огорожа (див. ст. 532.19).

За таємним розпорядженням імператора Олександра І в лютому 1812 передбачалося розібрати споруди Микільського Пустинного монастиря через їх близьке розташування до фортеці. Треба було відселити флорівських черниць. На відновлення Флорівської обителі на Подолі з казни вирішили виділити 133 013 крб. асигнаціями. Одразу було побудовано чотири дерев'яні житлові корпуси, відремонтовано й освячено собор Вознесіння Господнього, теплу Трапезну церкву (там освятили один престол на першому поверсі — в ім'я святих мучеників Флора і Лавра). У квітні 1812 черниці вернулися до своєї оселі. Проте видача казенних коштів затримувалась, і залишок виділеної суми у розмірі 10813 крб. Флорівський монастир отримав лише у 1817—18, тоді й з'явилася можливість продовжити будівництво.
За проектом відбудови Подолу після пожежі 1811, до Флорівського монастиря приєднано ділянки з півдня й півночі, його садиба у плані наблизилася до прямокутника. Давня частина монастиря з розташованими на осі схід—захід дзвіницею, собором Вознесіння Ісуса Христа та церквою святих мучеників Флора і Лавра (Трапезною) стала центром архітектурного ансамблю, створеного київським міським арх. А. Меленським. Здійснюючи перепланування монастиря, реставрацію його старих та проектування нових будівель, успішно використовуючи місцеві будівельні традиції, архітектор зумів гармонійно поєднати стилі бароко і класицизм. Він зберіг за надбрамною дзвіницею, добудувавши два верхні яруси й увінчавши її баню високим шпилем (1821), традиційне значення парадного в'їзду в монастир, а за соборною церквою — значення головної центральної домінанти ансамблю, навколо якої розмістив нові, вписані у довкілля будівлі. 1818—19 ліворуч від Святої брами змуровано одноповерховий будинок ігумені з мансардою, відновлено собор Вознесіння Господнього і Трапезну церкву в характерних барокових формах. У Трапезній церкві реконструйовано другий поверх з улаштуванням там вівтаря на честь Тихвінської ікони Богоматері. Бані церков і дзвіниці позолочено. Над джерелами обабіч головного храму (з південно-західного і північно-західного боків) встановлено альтанки (1820-і рр.). Під горою, на місці знищеної вогнем дерев'яної церкви Н. Долгорукової, зведено нову муровану церкву Воскресіння Ісуса Христа у вигляді ротонди з півсферичною банею та келіями при ній (1824). Побудовано нову Трапезну (проект 1824, здійснений 1839), будинок Н. Аммосової у південно-західній частині монастиря (проект 1827, здійснений у 1830-і рр.), відновлено огорожу (1817—20). Споруджено келійні корпуси № 5, 6, 8, 9, 10, 11 на вул. Флорівській, 6/8 (1822—32), а також житловий корпус на вул. Притисько-Микільській, 5 (1822—32).
У забудові монастиря брали участь київські підрядчики І. Грицаєвський, П. Кукунін, В. Сєриков та ін. Цегла, вапно та інші будівельні матеріали постачалися з либідських заводів Києво-Печерської лаври. Бляху закуповували у київського купця П. Дегтерьова.
Однак більшість житлових будинків залишалася дерев'яною. Заміна їх на капітальні муровані корпуси відбувалася поступово протягом всього 19 і поч. 20 ст. Після А. Меленського житлові будинки Флорівської обителі проектували київські архітектори П. Спарро, М. Самонов, В. Ніколаєв, Є. Єрмаков.
У 1840—50-х рр. монастирський ансамбль збагатився двома церквами, створеними єпархіальним арх. П. Спарро: в ім'я Казанської ікони Пресвятої Богородиці (1841—44) та Свято-Троїцькою (1855—59). Побудована у російському стилі тепла Казанська церква мала великий внутрішній простір. До бічного південного вівтаря нового храму з Трапезної церкви перенесли престол на честь святих мучеників Флора і Лавра. Нижній вівтар Трапезної церкви присвятили св. Миколі Мірлікійському, і вона стала називатися Микільсько-Тихвінською. Прилеглу до церкви ділянку було обнесено дерев'яним палісадником, у межах якого влаштовано невеликий цвинтар.
1820 до монастиря було приєднано нижню частину прилеглого схилу г. Флорівська. 1834 він викупив у міста східний схил та верхню частину гори, яка довгий час перед тим (після зруйнування у 17 ст. розташованого тут литовського замку) використовувалася під городи приватних осіб. У 1840-х рр. новопридбану земельну ділянку обнесено дерев'яною огорожею.
На косогорі почалося спорудження дерев'яних хатинок, які, за свідченням флорівського священика (з 1871) Ф. Маніковського, з боку Дніпра виглядали немов сходинки з будинків. Цвинтар на г. Флорівська насельниці засадили деревами і кущами, на ділянці саду побудували оранжереї, де вирощували рідкісні та екзотичні рослини. Упорядкування флорівського цвинтаря завершило будівництво 1855—59 за проектом київського єпархіального арх. П. Спарро Свято-Троїцької церкви з бічним вівтарем на честь Охтирської ікони Богоматері та дзвіницею над притвором, влаштування 1858—59 зручної дороги нагору (не збереглась) та заміна в 1850-х рр. дерев'яного паркану на цегляну огорожу, приєднану до вже наявних стін огорожі нижньої території монастиря. Одночасно зі спорудженням огорожі на схилі гори зводили келійні будинки. На поч. 1890-х рр. усі придатні для будівництва тераси та спадини східного схилу Флорівської гори були зайняті невеликими дерев'яними, іноді на мурованих фундаментах будинками (більшість не збереглася).
Під час капітального ремонту споруд у кін. 19 — на поч. 20 ст. бані церкви Казанської ікони Пресвятої Богородиці та монастирської дзвіниці було прикрашено позолоченими зірками. На хресті, що увінчував дзвіницю, позолочено голуба.
Через велику щільність забудови території монастиря та прилеглої до нього місцевості тут впродовж усього 19 ст. періодично спалахували пожежі, тому, по можливості, замінювали дерев'яні будівлі на муровані. Так, у серед. 19 ст. перебудовано в цеглі більшу частину келійних дерев'яних корпусів, запроектованих ще на межі 1820—30-х рр. арх. А. Меленським, а в кін. 19 — на поч. 20 ст. у північно-східній частині монастирського подвір'я споруджено два капітальні корпуси — № 4 за проектом арх. В. Ніколаєва (1895) та № 2 за проектом арх. Є. Єрмакова (1902). Обидва виконані у простих архітектурних формах, характерних для монастирського будівництва цієї доби. Ці вдалі за пропорціями споруди, що замкнули подвір'я монастиря з північного сходу, остаточно сформували його архітектурний ансамбль.
У 2-й пол. 19 ст. територія монастиря значно збільшилася, що було зумовлено припливом черниць, які бажали оселитись у ньому. 1867 завдяки приєднанню з південного сходу земельної ділянки, що належала раніше різним приватним особам (разом зі спорудою поч. 19 ст. — теперішнім корпусом № 16), 1869 — садиби з північного сходу від надбрамної дзвіниці. Дерев'яний будинок з цієї садиби був наданий під монастирську церковнопарафіяльну школу (згорів 1893). У 1912 приєднано ще одну значну за площею ділянку з південно-східного боку (тепер забудована сучасними спорудами).
Нерідко житлові будинки на території монастиря споруджувалися коштом знатних та багатих жінок, часто — вдів та охочих знайти в стінах монастиря свій останній притулок (удови генерала — О. Ротт, капітана — Н. Амосова, купця — М. Єрофєєва та ін.). Ці будинки, відповідно до усталеного правила, після смерті їхніх власниць переходили до монастиря. 1919 тут було 28 келійних корпусів.
1919—20 все майно Вознесенського (Флорівського) монастиря націоналізовано. З 1923 на його території розмістилося «Містечко металістів». Будівлі було перетворено на різні майстерні, гуртожитки робітників, склади тощо. Багато з них зазнало часткових перебудов, деякі повністю розібрано. У кін. 1926 всі будинки передано житловому кооперативу. Хоча відтепер черниці були зареєстровані як члени трудової громади, монастир фактично продовжував діяти до 1929. Протягом 1920—30-х рр. припинилися богослужіння в усіх храмах обителі. Під «культосвітні установи» житлокооперативу і заводу «Ленінська кузня» було передано: 1931 — собор Вознесіння Господнього, 1934 — церкву Казанської ікони Пресвятої Богородиці. Трапезну церкву св. Миколи віддано у користування фабрики грамплатівок. Дзвіниця ще до Великої Вітчизняної війни втратила значення домінанти в ансамблі монастиря: вона залишилася без бані та дзвонів.
1940 під час нацистської окупації Києва Флорівський жіночий монастир відновив свою діяльність. Великої шкоди його спорудам було завдано в роки Великої Вітчизняної війни. Багато з них було приведено в незадовільний технічний стан. Пожежа невиправно пошкодила бані собору Вознесіння Господнього. Весь архітектурний ансамбль дійшов до стану руїни. В кін. 1940-х — на поч. 1950-х рр. у низці споруд здійснено ремонтно-відновлювальні роботи. Встановлено нові бані церков і дзвіниці, що за формою значно відрізнялися від первісних.
У 1960-і рр. монастир знову опинився на межі закриття. В користуванні чернечої громади залишили тільки собор Вознесіння Господнього, дзвіницю і частину житлових приміщень. Між тим, кількість насельниць тоді збільшилася через переміщення у Флорівську обитель черниць скасованого 1961 Свято-Введенського монастиря (містився на вул. Московській; див. ст. 296.6).
1989 під час урочистостей з нагоди святкування 1000-річчя введення християнства на Русі розпочалося повернення храмів і келійних корпусів найдавнішому з діючих київських жіночих монастирів.
Монастир займає у плані наближену до прямокутника, видовжену по осі північ—південь ділянку, оточену по периметру келійними та господарськими спорудами, а також збереженими фрагментами мурованої огорожі (на південний схід від дзвіниці, вздовж вул. Хорива). У центральній частині садиби на головній композиційній осі схід—захід розміщено триярусну дзвіницю в стилі класицизм (на східній межі), собор Вознесіння Господнього та церкву Святих мучеників Флора і Лавра (Трапезну) — найдавніші споруди монастиря у стилі бароко. Паралельну вісь головного простору на заході замикає класицистична ротонда з прилеглими обабіч призматичними об'ємами-крилами церкви Воскресіння Ісуса Христа на схилі гори. Інша композиційно-планувальна вісь північ—південь перетинає садибу та планувально поєднує другорядні входи в монастир з прилеглих міських просторів. На монастирській вулиці, сформованій переважно двоповерховими житловими корпусами в стилі класицизм, — увінчана банею апсида церкви Святих мучеників Флора і Лавра. Композиційним центром архітектурного ансамблю та його висотною домінантою є собор Вознесіння Господнього, навколо якого розміщено одно-, двоповерхові житлові споруди у стилі класицизм. Домінуючий об'єм комплексу — розташована у південній частині садиби зі східного боку меридіональної осі церква Казанської ікони Пресвятої Богородиці, що вирізняється насиченим зовнішнім декоративним оформленням у російському стилі.
Комплекс монастирських споруд — зразок гармонійного поєднання витворів архітектурного мистецтва різних епох та стилів (бароко, класицизм та стилі пізнішого часу). Відіграє винятково важливу містобудівну роль: є органічною складовою частиною забудови Подолу; мальовничий силует його будівель невіддільний від київської панорами.
Ігуменями та черницями монастиря було багато видатних жінок-подвижниць.
1753—60 ігуменею була Іустина (Тодорська) — дочка козака Ф. Тодорського і сестра відомого лінгвіста, архієпископа Псковського Симеона (Тодорського). Вона домоглася затвердження за обителлю прав на всі маєтки та угіддя (села Ходосівка, Великі та Малі Дмитровичі, Вишеньки, Бугаївка, Ханбеківка, Русанівка, Сеньківка, Пласке та Липецький хутір).
1757—71 в монастирі перебувала Долгорукова Наталія Борисівна (1714—71) — дочка відомого російського полководця Б. Шереметєва та вдова князя І. Долгорукова, страченого за патріотичні виступи в період іноземного засилля при російському дворі (біронівщини). Н. Долгорукова прийняла тут 1857 чернечий постриг з ім'ям Нектарія, 1767 — схиму. Власним коштом побудувала лікарняну церкву Воскресіння Ісуса Христа, знищену пожежею 1811. Була похована в Києво-Печерській лаврі (див. ст. 489.1.36). Заповіла Флорівському монастирю частину своєї великої маєтності.
Бл. 1760 в монастирі прийняла чернечий постриг подвижниця Олександра (Мельгунова), яка у видінні одержала вказівку Божої Матері заснувати Серафимо-Дивеївську обитель — четвертий в Російській державі уділ Пречистої на землі.
Свій чернечий шлях почала тут блаженна Ірина (Зеленогорська).
На поч. 19 ст. черницею монастиря стала грузинська цариця Марія, ув'язнена сюди її чоловіком, великим російським сановником — генерал-лейтенантом О. Рахмановим.
1811 (або 1812) — 1832 ігуменею була Смарагда (Норова; 1755—1832). Відновила монастир після спустошливої пожежі 1811 завдяки великим державним коштам, пожертвуванням власним і графині А. Чернишової. Написана Смарагдою книга «Побожні християнські істини» витримала кілька видань.
Подвижницею благочестя була флорівська пострижениця (з 1856) та ігуменя (з 1865) Парфенія (світське ім'я — Адабаш Аполлінарія Олександрівна; 1808—81) — духовна дочка і перший біограф преподобного Парфенія Київського — ієросхимонаха Києво-Печерської лаври, духовна поетеса, автор служби святим Кирилу і Мефодію, схваленої Святійшим Синодом. 1877 відкрила при обителі притулок для дівчат-сиріт і заснувала училище на 55 учениць, де викладала, організувала монастирський хор. Заповіла обителі все своє майно.
До числа флорівських подвижниць належить Олена (світське ім'я — Бахтєєва Катерина Олексіївна; 1756— 1834).
Історична реконструкція некрополя Вознесенського Флорівського монастиря, майже знищеного протягом 20 ст., відтворює характерну для давніх монастирів картину, коли біля кожної церкви були поховання. Найдавніші з відомих поховань у садибі жіночої обителі зосереджувалися біля головного собору Вознесіння Господнього і церкви святих мучеників Флора і Лавра (Трапезної). У 19 ст. на рівнинній частині з'явилися нові кам'яні церкви Воскресіння Ісуса Христа і Казанської ікони Пресвятої Богородиці, на верхів'ї г. Флорівська (Замкова, Киселівка) — Свято-Троїцька з відповідного віку похованнями біля них. Останні поховання на горі датуються серед. 20 ст.
Розвиток некрополя Вознесенського (Флорівського) монастиря слід вести хронологічно з 16 ст., в топографічному плані — від місця розташування його найдавнішої дерев'яної церкви, що існувала ще до 1566. У 17 ст. цвинтар, ймовірно, розташовувався в межах монастирської огорожі під горою на незабудованій ділянці, яка була обнесена окремим низьким парканом, на захід від церкви святих Флора і Лавра. Тепер частину цього місця займає церква св. Миколи (Микільсько-Тихвінська) та інші споруди. 1732, коли було завершено будівництво мурованого собору Воз-несіння Господнього, поховання почали проводити поблизу нього і Трапезної церкви.
Перше документально засвідчене поховання флорівської ігумені Феодори (Сморжевської) належить до 1771. Воно містилося навпроти дзвіниці, біля вівтарної стіни церкви Вознесіння Гос-поднього. З південно-західного боку, поряд були могили настоятельок обителі Калісфени (Милославської; померла 1785) та Августи (Апраксіної; померла 1804); з південно-східного — Пульхерії (Шаховської; померла 1812).
Біля східної стіни церкви святих мучеників Флора і Лавра (св. Миколи Мірлікійського) містилися могили ігумень Смарагди (Норової) і Смарагди (світське ім'я — Набокова Варвара Андріївна; 1784—1834). Поруч з останньою поховали 1842 її матір Агнію, яка за ігуменства дочки прийняла чернецтво у Флорівському монастирі. Біля тієї ж вівтарної стіни була могила благочинниці монастиря, послушиці Амосової Наталії Олексіївни (1769—1839). Останнім з південного боку церкви у 1924 був похований єпископ Новозибківський Федір (Власов). Ця могила збереглася до наших днів.
У глибині монастирського подвір'я, на схід від церкви Воскресіння Ісуса Христа, — могила Олени (світське ім'я — Бахтєєва Катерина Олексіївна, 1756— 1834) — черниці, духовної дочки святителя Тихона Задонського. Похована у труні святителя, підготованій ним для себе ще за життя. На могилі — чавунна плита з написом.
За досить короткий час утворився цвинтар не тільки для черниць, а й мирян поблизу збудованої 1841—44 церкви Казанської ікони Пресвятої Богородиці. До 1918 він охопив усю вівтарну стіну храму і продовжився на схід. Тут, біля південної стіни, поховані флорівські ігумені Ювеналія (світське ім'я — Михайлович Іувеналія Петрівна; бл. 1773—1848); Серафима (світське ім'я — Вонлярляревська Серафима- Олександра Василівна; 1808—53); з північного боку храму — Парфенія (світське ім'я — Адабаш Аполлінарія Олександрівна). Тут же поховані Ігнатович Іоаким Тимофійович (1784—1881) — священик (з 1810), соборний протоієрей (1821—81) Флорівського монастиря; князі С. Мещерський (пом. 1870) та І. Ширинський-Шихматов (пом. 1876). На цьому почесному цвинтарі містилися могили професорів Київської духовної академії: Лашкарьова Петра Олександровича (1834—99); Маккавейського Николи Корнилійовича (1869—1919); Олесницького Якима Олексійовича (1842—1907, був похований біля церкви, за вівтарною стіною); Певницького Василя Федоровича (1832—1911) та ін.
З 1840-х рр. на г. Киселівка стали ховати померлих черниць, з кін. 1860-х рр.— біле духівництво і мирян. Цей цвинтар використовувався вкрай рідко, поки 1858 не з'явилася зручна дорога нагору. На горі виник найбільший в межах монастирської садиби цвинтар.
За ігуменства Агнії (світське ім'я — Гриндлінг Анна; у схимі — Варвара; 1801—65), на вершині пагорба завершилося будівництво Свято-Троїцької (Цвинтарної) церкви. Ігуменю було поховано з північного боку храму. З південного боку, на чавунному п'єдесталі стояв чавунний хрест вис. бл. 8,0 м з написом «Василий Иванович Хомяков». Хрест установили за заповітом В. Хомякова, який прагнув цим пам'ятником привернути увагу до Флорівської обителі та в кожного християнина, що потрапляв до Києва, викликати бажання відвідати її і пройнятися такою ж любов'ю до неї, яку мав він сам. Останні дні свого життя В. Хомяков постійно був присутній на богослужіннях у монастирі, робив грошові пожертви, особливо тоді, коли виконувалися розписи церкви Казанської ікони Пресвятої Богородиці, біля якої він волів бути похованим. Його могила (помер 1871) містилася з південного боку храму.
На Флорівській горі навколо церкви було поховано чимало шанованих громадян Києва, серед них — професори Київської духовної академії та Університету св. Володимира: Голубєв Степан Тимофійович (1848—1920), Іванишев Mикола Дмитрович (1811—74), Лінницький Петро Іванович (1839—190б), Новицький Орест Mаркович (180б— 84), Петров Mикола Іванович (1840—1921); Mарковський Петро Леонтійович (1811—97) — кафедральний протоієрей в Черкасах, в якого 18б9 зупинявся Т. Шевченко; Онацька Надія Даміанівна (1892—1919) — дитяча письменниця, одна із засновниць видавництва «Рух» та ін.
На південному схилі Флорівської гори містилося братське поховання вояків Армії УНР доби Директорії, загиблих у серпні 1919 під час боїв з Добровольчою армією за Київ. Ще у 1930-х рр. на могилі стояв дерев'яний хрест. 1998 тут встановлено новий великий дерев'яний хрест.
За межами монастирської садиби небіжчиць Флорівського монастиря ховали переважно на Звіринецькому, Кирилівському, Щекавицькому цвинтарях, декого — у Kиєво-Печерській лаврі та її пустинях. З 1930-х рр. Флорівський некрополь став занепадати. 1927 закрито Cвято-Tроїцьку цвинтарну церкву, 1938 — розібрано. До наших днів збереглися фундаменти та частина стіни храму. За генеральним планом реконструкції Kиєва 193б, на г. Флорівська передбачалося створення нового парку. Проте остаточна руйнація флорівського цвинтаря відбулася після 19б0. Лише поодинокі поховання були перенесені родичами на Лук'янівський цвинтар. Тепер у користуванні обителі — ділянка на Лісовому цвинтарі, окремі поховання флорівських черниць є і в інших місцях.
Престольні свята обителі — дні Вознесіння Господнього і святих мучеників Флора і Лавра.
Тепер — монастир Української православної церкви [1793].