В історичному центрі Верхнього міста. На перетині найважливіших давніх шляхів, що згодом трансформувалися на головні історичні вулиці – Володимирську, Софійську та Стрітенську. У планувально-композиційному центрі історичного району Києва – «міста Ярослава». Софійський митрополичий монастир вперше згадується в хроніці Тітмара Мерзебурзького під час опису подій 1017-18. Центральне місце в комплексі його забудови займає собор Святої Софії – всесвітньовідома пам’ятка архітектури і монументального мистецтва 1-ї пол. 11 ст. За літописом, храм зводився як центр великого мурованого ансамблю «міста Ярослава». Одночасно з ним споруджувалися вали навкруг міста, Золоті ворота, згодом – монастирі св. Георгія і св. Ірини. Церква Святої Софії була осередком митрополії Київської Русі.
Літописи пов’язують побудову митрополичого храму з ім’ям великого київського князя Ярослава Мудрого, будівельна діяльність якого в Києві підсумовується під роком 1037. За літописом, на місці собору Святої Софії (Премудрості Божої) раніше було «поле поза градом», де 1036 відбулася переможна битва Ярослава Мудрого з печенігами. Проте дані археологічних досліджень свідчать, що ця територія не була у згаданий час «полем поза градом», а являла собою заселену й укріплену місцину задовго до правління князя Ярослава Мудрого. За новітніми дослідженнями археолога М. Нікітенка, собор Святої Софії споруджено на складній з топографічного погляду ділянці Старокиївської гори, оточеній з півночі, північного заходу і південного сходу ярами, які, вірогідно, заміняли собою передстінні рови на вододілі. Лише з південного заходу (з боку Золотих воріт) був зручний підхід до храму. Поряд із садибою собору Святої Софії зведено монастирські храми на честь небесних патронів князя Ярослава та його дружини Інгігерди – св. Георгія й св. Ірини (не збереглися). Вони стояли обабіч головної вулиці міста, що вела від Золотих воріт. Рештки храмів досліджені археологами. На північний захід від собору у дворі житлового будинку на вул. Стрілецькій, 7/6, на ділянці колишнього митрополичого саду 1909 виявлено фундаменти великого мурованого храму 1-ї пол. 11 ст. (див. ст. 283.10). За ім’ям його дослідника Д. Милєєва він набув у науці назву «милєєвський». Дехто з учених ототожнює цю церкву з церквою св. Ірини, інші – з храмом св. Георгія, хоча достатніх підстав для таких атрибуцій немає.
Подвір’я собору Святої Софії в 11 ст. було укріплене потужною мурованою стіною, окремі відрізки фундаментів якої знайдено під час розкопок (див. ст. 283.5). Вважалося, що давній мур оточував подвір’я монастиря замкненим колом. Проте досліджені М. Картером відрізки фундаментів муру не дали цілісного уявлення про давню огорожу садиби собору. Донині залишається доконче не з’ясованою проблема трасування стіни: чи замикала вона територію подвір’я собору, чи була частиною оборонної системи «міста Ярослава». На подвір’ї Святої Софії в 1970-х рр. і 2004 відкрито ще два відрізки фундаментів південно-східної гілки давнього муру – у підвалі північної прибудови Трапезної і біля північно-східного фасаду корпусу № 3 (будинок Київської єпархіальної училищної ради). Ці відкриття підтвердили точку зору М. Каргера, який вважав, що біля південної частини корпусу № 3 змикалися дві гілки муру, утворюючи кут, проте пошуки останнього виявилися марними. Як показали результати досліджень М. Нікітенка упродовж 2002-07 давньої топографії подвір’я собору, південно-східну гілку муру було споруджено вздовж яру, що пролягав до сучасної дзвіниці. Далі цей яр різко повертав на північний захід і проходив вздовж східного фасаду собору. У тому ж напрямку на відстані 20-25 м від собору проходила й огорожа. Під час останньої реконструкції вул. Володимирської 1999- 2000 було відкрито ще один відрізок фундаменту стіни, яка, перетинаючи вулицю, з’єднувалася, найвірогідніше,
із західною і південно-східною гілками софійської огорожі в місці їх кутового сполучення біля південної частини корпусу № 3. За припущенням М. Нікітенка, давній кам’яний мур не замикав простір довкола Святої Софії. Можливо, його північно-східна гілка поєднувалася з валом, що проходив уздовж вул. Стрітенської, а південно-східна – зі стіною, виявленою на вул. Володимирській. Імовірно, задумана спочатку як огорожа садиби собору, кам’яна стіна стала частиною оборонної системи «міста Ярослава». Практика використання мурів культових споруд як частини міських укріплень відома в Україні і за пізніших часів. За матеріалами археологічних досліджень, у північній частині Софійського подвір’я в давнину був глибокий яр, на його схилах знайдено печі для випалу цегли, які обслуговували будівництво собору і були ліквідовані після закінчення будівельних робіт. З мурованих будівель, що первісно містилися на Софійському подвір’ї, відома лише невелика споруда 11-12 ст. на північ від собору, спершу сприйнята автором розкопок М. Каргером за виробничу піч для випалювання цегли і визначена археологом В. Богусевичем як середньовічна лазня. Натомість дослідник собору Г. Логвин вважав, що споруда правила за своєрідний калорифер, з якого нагріте повітря подавалося каналами в собор.
Протягом усього періоду існування собор Святої Софії був діючим храмом, одним з головних духовних центрів східних слов’ян. Він зазнав пограбувань під час навал ворогів, але не руйнації. Незважаючи на численні ремонти, у кін. 16 ст. (за свідченням мандрівника М. Ґруневеґа) набули аварійного стану давні відкриті галереї, які оточували собор з заходу, півночі і півдня й впродовж століть зазнавали атмосферних впливів. Стан галерей справляв враження занедбання і руйнації храму, про що свідчать записи мандрівників кін. 16 – поч. 17 ст. Е. Лясоти, Р. Гейденштейна та ін. Крім того, в деяких свідченнях цього періоду відбилася боротьба православних з уніатами, які володіли Софійським монастирем 1610-32, тобто до приходу православного митрополита Петра (Могили). Дослідження показують, що відбудовчі роботи в соборі Святої Софії розпочалися до приходу уніатів, велися за часів уніатів, продовжені митрополитом Петром (Могилою) та його послідовниками. Про зовнішній вигляд собору 1651 та забудову його території дає уявлення відомий малюнок голландського художника А. ван Вестерфельда, який служив при дворі литовського князя Я. Радзивілла, «В’їзд Януша Радзивілла до Софійського монастиря». Вигляд храму свідчить про те, що в цей період Київ перебував у сфері впливу західноєвропейської ренесансної архітектури. Стародавні монументальні форми собору, які збереглися, набули нових елементів: фігурні гребінці, що увінчують фасади; аттики з постатями лицарів і кулями, понизаними на стрижні; контрфорси, що зміцнюють центральну апсиду. Давні галереї мають односхилий дах, у нішах на апсидах видно живопис. Сходові башти на західному фасаді завершуються шатровим покриттям. Територію монастиря огороджено високим дерев’яним парканом.
На південь від собору – дерев’яна дзвіниця, квадратна в плані, з решіткою під чотирисхилим дахом, завершена маленькою банькою з хрестом. На схід від собору за стіною – видовжена споруда з високим дахом. Вхід на митрополиче подвір’я – з північного сходу, над ним височить чотириярусна башта з відкритою галереєю у другому ярусі, завершена бароковим куполом з маленькою банькою. Інші малюнки А. ван Вестерфельда, які показують південну та західну галереї напівзруйнованими, відбивають дійсний стан собору на той час, оскільки його відбудову ще не було завершено.
Про наступні перебудови ансамблю у 2- й пол. 17 ст. свідчить малюнок на плані полковника І. Ушакова 1695. На ньому собор Святої Софії значно перебудований ззовні: закладено і надбудовано колишні відкриті галереї, над ними зведено нові бані. Баням надано барокових абрисів. На подвір’ї побудовано нові монастирські споруди в традиціях дерев’яної східнослов’янської архітектури. На південь від собору височить двоповерхова будівля з мурованим першим і дерев’яним другим поверхом, з бочкоподібним завершенням і невеликою банею на східному фасаді. На південний захід від собору – будинок митрополита, на захід – два на одній лінії одноповерхові будинки келій, на північ – монастирська Трапезна. Єдиний в’їзд на подвір’я проходив під дзвіницею, що стояла у північно-східному куті території. Дзвіниця триярусна, завершена бароковою банею з маківкою. Археологічні дослідження показали, що територія монастиря кін. 17 ст. була більшою від митрополичого подвір’я 11 ст. Споруди на південь і південний захід від собору містилися за межами мурованої огорожі 11 ст., рештки якої на той час, очевидно, було розібрано.
Археологічні дослідження на подвір’ї собору дали змогу виявити точне місцезнаходження дерев’яного митрополичого будинку та сліди пожежі, під час якої він був знищений. Будинок стояв на відстані 13 м від південно-західного наріжжя собору, тому впав пошкоджений вогнем західний нартекс храму.
Внаслідок капітальних ремонтно-реставраційних робіт доби гетьмана I. Мазепи зовні собор набув того вигляду, який у своїх основних рисах зберігся донині. Над давніми одноярусними відкритими галереями надбудували другі поверхи, галереї перетворили на закриті приміщення, в яких улаштували бічні вівтарі. Над собором звели шість нових бань, і їх стало 19. Фасади потинькували і побілили, бані позолотили. Золоті грушоподібні гранчасті бані, вигадливі фронтони й примхливе ліплення фасадів надали собору барокової ошатності. Особливо пишно було декоровано відновлений з руїн західний фасад храму з центральним порталом. Його середня частина відступила вглиб відносно веж і була прорізана великим вікном у формі квадри-фолія. Над середньою частиною зведено високий ліплений фронтон, що надало урочистості центральному входові. Вбраний у нові барокові шати, капітально відремонтований й опоряджений собор Святої Софії втілив ідею української державності в звучанні Мазепиної доби.
Одночасно з відбудовою собору розпочалося спорудження цегляної огорожі його подвір’я. Вважають, що мур 18 ст. навколо Святої Софії зведено за митрополита Рафаїла (Заборовського). Однак отримані останнім часом М. Нікітенком результати археологічних досліджень муру дають іншу картину його виникнення. Встановлено, що на різних ділянках стіна спирається на конструктивно різні фундаменти. Північно-західна (вздовж вул. Стрілецької) і південно-західна (вздовж пров. Георгіївського) ділянки стіни (остання завтовшки 1,23 м) поставлені на цегляному стрічковому фундаменті; нижня частина фундаменту являє собою забутування з битої цегли на вапняному розчині. Натомість на ділянці між дзвіницею та пристінним корпусом стіна, товщина якої сягає тут 1,35 (з рустом – 1,4) м, спирається на «аркадний» (шир. арки – 4 м, вис. від п’ят до зеніту арки – 0,5 м) фундамент. Відрізняються і фундаментні обрізи. На ділянці вздовж пров. Георгіївського фундамент стіни має одноступінчастий обріз. Натомість на відрізку стіни вздовж вул. Стрілецької зафіксовано східчастий фундаментний обріз з трьома уступами. Також східчастий, проте чотирьохступінчастий обріз із значним виносом нижнього виступу відносно внутрішнього фасаду відкрито на відрізку стіни, що прилягає до дзвіниці з півночі. По-різному вирішено також архітектурний декор стін: між дзвіницею та південною в’їзною вежею, а також на північ від дзвіниці стіна має руст, відсутній на інших указаних ділянках стіни, а також карниз із внутрішнього та зовнішнього боків, тоді як вздовж вул. Стрілецької та пров. Георгіївського стіна завершується карнизом лише із зовнішнього боку. Як свідчать малюнки 19 ст., аналогічним рустом було оформлено зруйновану пізніше ділянку стіни, що виходила на пл. Софійську з боку пров. Рильського. Оформлення багатоступінчастих карнизів обох відрізків стіни, що виходить на пл. Софійську і вул. Володимирську, майже однакове, проте карниз внутрішнього фасаду стіни на північ від дзвіниці має складніший рельєф. Як вважає М. Нікітенко, історію побудови муру 18 ст. довкола собору Святої Софії можна поділити на періоди, що відповідали трьом першим етапам кам’яної монастирської забудови її подвір’я. Вірогідно, найдавнішою була гілка поч. 18 ст. між побудованими за І. Мазепи та митрополита Варлаама (Ясинського) дзвіницею і південною вежею. Потім, у 1722-30, за часів архієпископа Варлаама (Ванатовича), була побудована гілка, що проходила від північного фасаду дзвіниці до пров. Рильського. Зрештою, останній етап побудови північно-західного та південно-західного відрізків стіни можна пов’язати з часами Рафаїла (Заборовського; 1731-47) і Тимофія (Щербацького; 1748-57). Така періодизація узгоджується із записом в рукопису 1770 ігумена Видубицького монастиря Іакова: «1745 року огорожа навколо кафедрального монастиря продовжувалася». Тобто побудову стіни цього року було не розпочато, а продовжено, разом зі створенням 1746 брами Заборовського. З поч. 18 ст. парадним в’їздом на подвір’я Софійського монастиря стала монументальна триярусна мурована дзвіниця. Подібно до вівтарної (тріумфальної) арки, головний вхід на територію собору теж вважався тріумфальним, тож дзвіниця дістала назву Тріумфальної. А її великий ошатний дзвін, відлитий 1705 київським майстром О. Петровичем, мав ім’я замовника – «Мазепа» (цей дзвін зберігся у дзвіниці донині). Урочистий вигляд мала і південна в’їзна вежа, високий шпиль якої прикрашала позолочена крилата постать покровителя Києва – архістратига Михаїла (втрачена). Територія монастиря значно розширилася, змінилося її планування. На південний схід від собору зведено триярусну дзвіницю (1699-1706), яку в 1740-х рр. перебудовано у другому та третьому ярусах; на південь від собору зведено Трапезну (1722-30), на захід – будинок митрополита (1730-35). В лінію з останнім у 1750-х рр. побудовано келії (братський корпус), на північ від собору – келії (1763-67; згодом – бурса). У південно-західній частині території зведено хлібню (1722-30, пізніше – консисторія). Територію монастиря оточили високими мурами з трьома входами: через дзвіницю (головний), через південну в’їзну вежу і через браму Заборовського.
Мурована забудова характерна для українських монастирських ансамблів кін. 17-18 ст.: високі фронтони м’яких хвилеподібних абрисів, грушоподібні бані, дахи «з заломами», ліплений декор на фасадах. Бароковий архітектурний ансамбль монастиря, що склався у 18 ст., попри деякі пізніші зміни, зберігся до нашого часу. Муровані споруди Софійського монастиря зводилися поступово протягом 18 ст., тому тривалий час вони співіснували з дерев’яними будівлями. Навіть після завершення будівництва мурованого монастирського ансамблю на подвір’ї існували численні дерев’яні сараї, комори, сторожки, стайні, повітки над льохами тощо. У 18 ст. територія монастиря була значно більшою за сучасну: огорожа охоплювала всю ділянку на північний схід вздовж пл. Софійської до вул. Троїцької (тепер пров. Рильський). Монастирю також належала велика ділянка напроти зазначеної, яка у 19 ст. була відведена під розширення пл. Софійської і будівництво Присутствених місць. На цих ділянках розташовувалися господарські служби, та будівлі готельного типу.
Софійський монастир разом з ансамблем Свято-Михайлівського Золотоверхого монастиря утворив унікальну архітектурну композицію Верхнього міста. Пануючи у його панорамі, вони уособлюють священну серцевину Києва. Це історичне архітектурно-просторове утворення, що сформувало неповторний образ давнього Києва, не має аналогів і не поступається кращим світовим містобудівним комплексам.
У 18 ст. розпочалося створення нового живописного ансамблю собору Святої Софії, який став яскравим взірцем мистецтва бароко. Розмалювання тривало впродовж усього 18 ст. художниками живописної майстерні Софійського монастиря, яка функціонувала до його скасування. За митрополита Рафаїла (Заборовського) споруджено розкішний позолочений триярусний іконостас у стилі бароко зі срібними позолоченими царськими вратами, храм прикрасило срібне панікадило тощо. Під час реставрації в серед. 19 ст. зняли верхній ярус іконостаса. Під час реставраційних робіт у кін. 19 ст. іконостас тимчасово зняли для перезолочення. Згодом його повернули на місце, але вже без середнього ярусу, який перенесли до вівтаря Стрітення Господнього (західна частина північної зовнішньої галереї). У кін. 18-19 ст. споруди Софійського монастиря зазнали деяких перебудов і функціональних змін. У 19 ст. проведено великі роботи в соборі Святої Софії: перебудовано його західний фасад у візантійському стилі, зведено нартекс, влаштовано калориферне опалення. В інтер’єрі на стінах храму розкрито фрески 11 ст. і поновлено їх олійними фарбами; знято верхню частину іконостаса, щоб відкрити мозаїки головного вівтаря, зроблено нову чавунну підлогу та ін.
У серед. 19 ст. збудовано четвертий ярус дзвіниці, що повернуло їй втрачену роль вертикальної домінанти в забудові міста. У 1820-х рр. колишню Трапезну перебудували на Теплу церкву (Тепла, або Мала Софія), у 2-й пол.
19 ст. споруду значно розширено – прибудовано бічні нави і тамбур. До колишньої хлібні, перетвореної на консисторію, прибудовано великий ризаліт, між хлібнею і південною в’їзною вежею на місці муру 18 ст. зведено корпус консисторії, об’єднаний з колишньою хлібнею в єдину споруду. На другому поверсі південної в’їзної вежі розмістили частину архіву консисторії. Нових перебудов зазнав будинок митрополита, зокрема із західного боку. У 1820-х рр. замуровано проїзд через браму Заборовського, розібрано кордегардії, на місці митрополичого подвір’я посаджено сад. Бурсу, де ще на поч.
19 ст. мешкали півчі і служники церкви, пристосовано під духовну школу, за якою побудовано одноповерховий цегляний флігель – їдальню бурсаків. У серед. 19 ст. з внутрішнього боку стіни
18 ст., що йшла вздовж вул. Володимирської, зведено пристінний корпус – квартири для дияконів і дзвонарів. У 1870-х рр. до корпусу прибудовано секцію з північно-східного боку. 1879 впритул до південної в’їзної вежі вздовж проїзду на подвір’я, навпроти консисторії споруджено соборний флігель, що призначався для квартир дияконів (перший поверх)
і церковних служителів (підвал). У
19 ст. на північний схід від консисторії зведено службовий «консисторський будинок», на місці якого тепер корпус, ймовірно, споруджений на поч. 20 ст. У кін. 19 – на поч. 20 ст. за проектами арх. Є. Єрмакова зведено прибуткові будинки в межах монастиря та поза ним, що істотно змінило архітектурне планування садиби.
1997-2003 реставровано і відкрито для відвідувачів дзвіницю; 2000 завершено реставрацію хлібні, в якій відкрито виставкові зали заповідника; 2001 відселено мешканців з пристінних келій, в яких 2005-06 проведено ремонтно-реставраційні роботи покрівлі; 2003-
6 здійснено благоустрій території подвір’я; 2003-07 проведено комплексну реставрацію корпусу № 3 (будинок Київської єпархіальної училищної ради), який пристосовано під адміністративний корпус заповідника; 2006 здійснено 50 відсотків реставраційних та реабілітаційних робіт будинку митрополита; 2006 розпочато реставраційно-реабілітаційні роботи щодо відтворення брами Заборовського. Наявний комплекс забудови садиби монастиря складають: собор Святої Софії,
11 ст.; монастирські споруди кін. 17- 18 ст. – дзвіниця, будинок митрополита, Трапезна, келії братські (бурса), келії (братський корпус), хлібня (консисторія), брама Заборовського, південна в’їзна вежа, мури; композиційно підпорядковані споруди 19-20 ст. – пристінний корпус, соборний (дияконський) флігель, будинок лікарні Києво-Софійського духовного училища. Комплекс Софійського кафедрального монастиря та збудованих на його території пізніше споруд різного функціонального призначення є визначною пам’яткою історії. Собор був резиденцією митрополитів Київських, починаючи від його створення. Тут «садили» на престол великих київських князів, приймали іноземних послів. При соборі діяв скрипторіум, було зібрано цінну бібліотеку.
Давньоруськими писемними джерелами засвідчено імена перших митрополитів Київських, діяльність яких, вірогідно, була пов’язана з Софійським монастирем: Іоанна І (до 1018- бл. 1030) та Феопемта (бл. 1035-1040-і рр.). Іоанн І виступає як керманич Руської церкви у перші роки княжіння Ярослава Мудрого, тому вважається, що саме він був тим митрополитом, про якого йдеться в хроніці Тітмара Мерзебурзького при описі подій 1018. Розповідаючи про захоплення Києва 14 серпня 1018 військом польського князя Болеслава Хороброго та його зятя Святополка Володимировича (на боці останнього Болеслав брав участь у княжій усобиці 1015-19), Тітмар повідомляє, що митрополит Київський з мощами святих та іншими святощами зустрів переможців «у монастирі Святої Софії, який, на жаль, минулого року погорів». Історики по-різному тлумачать ці відомості. Одні стверджують, що згоріла невідома за джерелами дерев’яна Софія, зведена князем Володимиром Святославичем або навіть княгинею Ольгою, інші вважають, що пожежа пошкодила розпочату Ярославом Мудрим 1017 муровану будівлю. Н. Нікітенко обстоює думку, що в хроніці Тітмара йдеться про наявний тепер мурований митрополичий собор Святої Софії, до створення якого був причетний Володимир Великий. На переконання дослідниці, при соборі існував монастир з дерев’яними будівлями, що згоріли 1017, тоді як собору пожежа не завдала істотної шкоди.
Наступник Іоанна І – митрополит Феопемт 1039 брав участь у повторному освяченні Десятинної церкви в Києві. В середині того ж року перебував у Константинополі, куди був запрошений для участі у патріаршому Синоді. За Феопемта у Софійському монастирі складено київський митрополичий звід 1039.
1051 у соборі Святої Софії поставлено митрополитом «русина» Іларіона. Це був безпрецедентний випадок, оскільки Іларіона – пресвітера церкви Святих апостолів у заміській княжій резиденції у Берестовому – поставив з ініціативи Ярослава Мудрого собор руських єпископів за санкцією Константинопольського патріархату. Літописець характеризує Іларіона як «мужа блага книжна і постника». Іларіон – автор «Слова про Закон і Благодать», у якому прославляються утвердження християнства на Русі, «великий каган нашої землі» Володимир і «благовірний каган» Ярослав.
Як «митрополія руська» Софійський монастир відіграв визначну роль у формуванні та діяльності церковної організації на Русі. Служба тут правилася щоденно як ієреями собору Святої Софії, так і священиками інших міських храмів, котрі складали крилас соборної церкви. Саме із собором Святої Софії пов’язані найраніші згадки про крилас на Русі, що стосуються подій 11 ст. Нестор – автор «Читання» про князів Бориса і Гліба та оповіді про посмертні чудеса Феодосія Печерського. У першому з цих творів згадується митрополит Іоанн І, який, дізнавшись про чудо від труни Бориса і Гліба у Вишгороді, «вскоре събратися повеле всему клиросу церковному», після чого відправився з пресвітерами на місце поховання князів. У «Чудесах» Феодосія Печерського мовиться: «Един от клироса святые и виликые церкве София болящу вельми... пришедъ моляще Бога и святого отца нашего Феодосия.».
Київська митрополія була місцем, де зберігалися найважливіші державні документи та акти княжої канцелярії.
У післямонгольську добу релігійне життя в «митрополії руській» не припинялося впродовж 13-16 ст. Собор залишався резиденцією митрополитів або їхніх намісників, незважаючи на те, що постійним місцем проживання митрополитів з 14 ст. був Владимир-на-Клязьмі, потім – Москва, за литовської доби – Вільно або Новогрудок. У Софійському монастирі періодично перебували митрополити Кирило ІІ (1242-80), Максим (1283-1305), Петро (Ратенський; 1308-26), Кипріян (Цамблак; 1389-1406), Фотій (1408-31). У білорусько-литовських літописах міститься розповідь про литовського князя Скиргайла, який був посаджений 1395 в Києві князем Вітовтом на місце Володимира Ольгердовича і відвідав будинок митрополита в цьому монастирі. В час, коли українські землі перебували у складі Великого князівства Литовського, митрополія не зазнавала утисків, великі литовські князі зазвичай приймали православ’я.
1482 собор Святої Софії був пограбований кримським ханом Менглі-Ґіреєм, який відправив московському царю Івану ІІІ золоті потир і дискос із храму. До 16 ст. належить грамота литовського князя Олександра, надана митрополиту Київському Йосипу (Солтану) і православним єпископам про недоторканність майна. У цей час собору належали урочище Паньківщина, землі над р. Либідь (Софійська долина), Рогатинська сіножать тощо.
Після Берестейської унії 1596 собор Святої Софії перебрали уніати.
7 липня 1633 православні Києва урочисто зустрічали нового митрополита Київського і Галицького Петра (Могилу). Він повернув собор від уніатів і влаштував при ньому чоловічий православний монастир, виділивши на ремонт споруд і облаштування обителі значну суму власних коштів. Відомо, що реставраційні роботи у соборі Святої Софії здійснювали італійський арх.
О. Манчіні та українські художники – брати І. та Т. Зінов’єви; до оздоблення храму були залучені виписані з Москви позолотник Я. Євтихієв, іконописець Іоаким, а також різьбярі, теслі, муляри. Петро (Могила) доклав зусиль і до відновлення софійської бібліотеки як атрибута храму Премудрості Божої. Ще на поч. 19 ст. у ній зберігалася книга власноручних записів Петра (Могили). Деякі книги з софійської бібліотеки могилянської доби зберігаються тепер у зібранні Інституту рукопису Національної бібліотеки України ім. В. Вернадського НАНУ. 1647 митрополит помер, не закінчивши відновлення Софійського монастиря.
Його сподвижник і наступник в 1647-57 Сильвестр (Косов) був обраний на митрополичу кафедру духівництвом та запорозькими козаками без привілею польського короля. Отримавши благословення патріарха Константинопольського Парфенія ІІ, він був посвячений у київському соборі Святої Софії собором руських єпископів. Його правління збіглося з періодом національно-визвольної боротьби 1648-54, коли Київ був визволений з-під польського ярма козацько-селянським військом гетьмана Б. Хмельницького. У грудні 1648 після низки переможних боїв Б. Хмельницький урочисто в’їхав у Київ через Золоті ворота і попрямував до Софійського монастиря, біля його стін гетьмана зустрічали патріарх Єрусалимський Паїсій, який саме перебував у Києві, митрополит Сильвестр (Косов) з духівництвом і киянами. Після укладення Переяславської угоди 8 січня 1654 всі українські міста і містечка мусили скласти присягу цареві. 14 січня 1654 кияни присягали у Києво-Печерському монастирі, а в кафедральному соборі Святої Софії митрополит Сильвестр, зібравшись із духівництвом, висловив непокору новій політиці Б. Хмельницького. Все ж митрополит змушений був визнати владу Москви, і 17 та 19 січня 1654 кияни давали у соборі присягу на вірність московському цареві.
Як і Петро (Могила), Сильвестр (Косов) збирав у кафедральному соборі святині України. З Любеча перенесено чудотворну ікону Богоматері, яку поставили «при стіні вівтарній», 1713 ікону встановлено в окремому кіоті, ліворуч від головного входу в собор. 1655 у собор перенесено ще одну чудотворну ікону – Богоматері Куп’ятицької – з Куп’ятицького монастиря поблизу Пінська.
Незважаючи на те, що після 1654 Київська митрополія разом з Україною фактично була передана під владу Московської держави, митрополити Київські аж до Гедеона (Святополка-Четвертинського; 1685-90) не посвячувалися патріархом Московським. Сильвестр (Косов), як і його попередник Петро (Могила), теж іменувався митрополитом Київським, Галицьким і всієї Русі, екзархом Константинопольського престолу.
Після смерті Сильвестра (Косова) у квітні 1657 питання про наступництво митрополичої кафедри, з урахуванням намагань Москви підпорядкувати собі Київську митрополію, набуло особливої гостроти. Б. Хмельницький і його наступник І. Виговський зупинили свій вибір на Луцькому єпископі Дюнісії (Балабані; 1657-63). Діонісій підтримав
І. Виговського, котрий розірвав союз з Московською державою і восени 1658 підписав Гадяцьку угоду з Польщею про створення в межах Речі Посполитої Великого князівства Руського, яке мало входити до неї на тих самих засадах, що й Корона Польська та Велике князівство Литовське. Однак швидка зміна воєнно-політичної ситуації звела нанівець Гадяцькі домовленості. У складних умовах тих часів, що дістали назву Руїна, Київська митрополія, перебуваючи між Варшавою і Москвою, вступила в період довготривалої кризи. Після поразки І. Виговського Діонісій (Балабан) майже за рік по своєму посвяченні залишив Київ, започаткувавши багаторічну традицію перебування православних митрополитів України поза межами своєї резиденції. З поділом козацької держави на Лівобережну та Правобережну відповідно розділилась і церква. З огляду на те, що Діонісія (Балабана), резиденція якого розташовувалась у Чигирині, не визнали лівобережні гетьмани, архіпастирські функції у Києві 1659-85 виконували місцеблюстителі митрополичого престолу – архієпископ Чернігівський Лазар (Баранович; 1659-61 та 1670-85) і поставлений з ініціативи московської влади єпископ Мефодій (Филимонович; 1661-68). Після смерті Діонісія (Балабана) на митрополичий престол виявилося два претенденти. У Чигирині представники правобережної шляхти та духівництва обрали митрополитом Йосипа (Нелюбовича-Тукальського; 1663-75) – прибічника гетьмана П. Дорошенка. Резиденція митрополита була в гетьманській столиці Чигирині, він жодного разу не приїздив до престольного Києва. Натомість правобережна православна фракція, очолювана гетьманом П. Тетерею, обрала на митрополію Антонія (Винницького; 1663-79), котрий також не жив у Києві. Обох «наречених» (себто таких, що лише носили це ім’я) митрополитів київське духівництво та лівобережне козацтво, які не брали участі в їхньому обранні, не визнали, тому софійською кафедрою опікувався москвофіл Мефодій (Филимонович). Розбрат у суспільстві згубно позначився на долі собору Святої Софії, який упродовж 30 років Руїни знову зазнав занепаду.
1686, після підпорядкування Київської митрополії Московському патріархату та укладення «Вічного миру» між Річчю Посполитою і Російською державою, Лівобережна Україна з Києвом залишилася під зверхністю російського царя, втрачаючи свою церковну автономію. Попри всю драматичність цієї події, політична стабільність, що настала після десятиріч безкінечних протиборств, сприяла економічному зростанню України та розвитку її культури. Нова доба в історії України пов’язана з гетьманом I. Мазепою (1687-1709). В українській культурі знайшли своє яскраве втілення високі здобутки національного духу, пробуджені буремною добою визвольних змагань. Розбудовуючи суверенну соборну Україну, I. Мазепа спирався на ідею гармонійної співпраці держави та церкви, символом якої є Свята Софія – Премудрість Божа. У герб гетьмана вкомпоновано образ храму, який названо Тріумфальною Церквою Премудрості Божої, заснованою на святих київських горах. Найбільш повним втіленням ідеї Святої Софії став для нього однойменний київський храм, стародавня «митрополія руська».
Саме на межі 17-18 ст. вбраний у барокові шати собор Святої Софії отримав своє друге народження. 1687, коли І. Мазепа став гетьманом, митрополитом Київським був Гедеон (Святополк-Четвертинський), висвячений у Москві в кін. 1685. 2 лютого 1686 він відправив свою першу службу в соборі Святої Софії. У цей час резиденція митрополита перебувала в критичному стані. Софійський монастир був позбавлений більшості угідь, а собор – церковного начиння і документів. Петро (Могила), побоюючись, що після його смерті монастир може знову перейти до уніатів, перед своєю кончиною все церковне начиння, архієрейське вбрання і документи переніс на зберігання у Києво-Печерську лавру, з якої його наступники нічого не змогли повернути. Тож Гедеонові довелося просити у московських державців Івана та Петра Олексійовичів церковного начиння, одягу та великого дзвону на облаштування митрополичого храму, а для Софійського монастиря – хлібного постачання й грошового жалування. 1688 Гедеон марно просив дозволу розібрати на полагодження собору руїни запустілих київських церков святих Василія і Катерини. Однак київському воєводі В. Бутурліну було наказано описати зазначені храми та скласти кошторис, щоб визначити, скільки потрібно будівельного матеріалу на ремонт собору. В ці роки розпочали розчищення від завалів західної частини храму та відбудову його західної стіни. Було також відремонтовано дерев’яні монастирські споруди.
На прохання митрополита Гедеона гетьман І. Мазепа надав Софійському монастиреві грамоту на володіння містечками Білогородка і Трипілля та селами Жиляни, Крушинка, Мархелівка, Муровське, Мала Бугаївка, Рослович, Снітинка, Церковище. Митрополит виділяв значні кошти на ремонт собору, срібло – на панікадило для головного вівтаря тощо. У квітні 1690 він помер, заповівши монастиреві більшу частину власних грошей і коштовностей. Найзначніші роботи у соборі Святої Софії та на його подвір’ї проводилися на межі 17-18 ст., коли митрополичу кафедру посів Варлаам (Ясинський; 1690-1706), для якого гетьман І. Мазепа виклопотав титул екзарха Московського патріарха, піднісши цим значення предстоятеля української церкви, права і привілеї якої всіляко боронив від централізаторської та русифікаторської політики московської влади. За Варлаама (Ясинського) та його наступника Йоасафа (Кроковського) на подвір’ї собору знову було зведено дерев’яні споруди монастиря. За часів митрополита Варлаама (Ванатовича; 1722-30) розпочалося будівництво мурованих монастирських споруд, що збереглися дотепер, проведено значні ремонтні та будівельні роботи в кафедральному храмі.
1701 московський священик І. Лук’янов записав: «Церковь Софии Премудрыя Божия зело хороша и образсовата, да в ней презорство строения; нету ничего – пусто; икон нет; а старое было стенное письмо, а митрополит не хай все замазав известью». Ймовірно, в кін. 17 ст. щойно потиньковані й побілені стіни храму були підготовлені для нового розмалювання. Це засвідчує той факт, що І. Лук’янов бачив собор без начиння та ікон. Роботу незабаром було розпочато: на північній стіні центральної нави, поверх княжого портрета 11 ст., збереглася значна частина фрагмента олійного стінопису, який міг виникнути лише на межі 17-18 ст. 1651
А. ван Вестерфельд бачив тут княжий портрет, а вже за митрополита Йоаса- фа (Кроковського) тут намальовано композицію «П’ятий вселенський собор». Тобто зображення пророка Да- ниїла зі старозаповітними отроками Ананією, Мисаїлом та Азарією з’явилися на стіні центральної нави після реставрації собору за часів І. Мазепи. Саме тоді розібрали поруйновану західну трипрогінну аркаду, що зумовило потребу найперше декорувати саме цю центральну частину собору.
1706 митрополит Варлаам (Ясинський) повідомляв, що обитель Свято-Софійська значно обновлена завдяки І. Мазепі. Після Полтавської битви 1709, коли російський цар Петро І прибув 22 липня до Києва, митрополит Йоасаф урочисто зустрічав його і вітав при молебні у соборі Святої Софії. Префект Київської академії Феофан (Прокопович) виголосив тут перед царем «всенародний» панегірик на честь Полтавської перемоги.
Внаслідок перемог над шведами в Північній війні російський уряд посилив наступ на зміцнілу за гетьманування І. Мазепи українську державність. Прагнучи до повного контролю над церковним життям в Україні, 1722 він ліквідував Київську митрополію і перетворив її на рядову єпархію Російської православної церкви. Київському першоієрарху Варлааму (Ванатовичу) при посвяті було дано титул не митрополита, а лише архієпископа Київського і Малої Росії. Відтоді київські владики не обиралися, а призначалися російським Синодом.
У 18 ст. Софійський монастир був одним з найбільш знаних і заможних монастирів Київської митрополії. Статус кафедрального остаточно закріпився за ним у 18 ст. У ньому зосередилися також резиденція митрополита Київського, Київська кафедральна консисторія та кафедральна контора.