Утворює замкнене подвір'я, дістатися до якого можна крізь Святу браму дзвіниці, відбудованої 1997—98 (з пл. Михайлівської), та відновлену 1997 за проектом арх. І. Мельникова Економічну браму (з вул. Трьохсвятительської), а також крізь проходи, влаштовані у новій огорожі 1997-99 (з боку фунікулера та парку «Володимирська гірка»). Композиційною домінантою головного монастирського подвір'я є Михайлівський Золотоверхий собор 12—20 ст., навколо якого по периметру розташовані трапезна з церквою Іоанна Богослова (1713—15), келії Варваринського (1898—1902) та Михайлівського (1849— 52) відділень, келії півчих архієрейського хору (1894), господарський льох (1713), оточені муром 18 ст., з добудованими 1997 ділянками. До археологічних пам'яток цієї території належать фундаменти Михайлівського Золотоверхого собору 12 ст. й рештки надбрамної церкви 12 ст.

Під час відбудови монастиря 1999 обабіч келій Варваринського відділення спорудили два ківорії над водорозбірними фонтаном і колонками (архітектори Р. Кухаренко, Ю. Лосицький). Ансамбль головного монастирського подвір'я — унікальна за своєю історико-культурною цінністю пам'ятка 12—20 ст.