Народився в сім'ї ієрея. 1789—95 навчався в Орловському і Севскому духовних училищах, 1795—97 — у Севській духовній семінарії, в якій викладав поезію з 1 березня 1798. 7 листопада 1798 в Орлі прийняв постриг у чернецтво з ім'ям Філарет, 9 листопада рукоположений на ієродиякона, 13 січня 1799 — на ієромонаха. Згідно з Височайшим указом 1797 про створення особливої вченої та навчальної корпорації з ченців з наданням їм звання, о. Філарет із званням соборного ієромонаха отримав звання соборного старця. У січні 1802 був на прощі в Києві, зокрема у Свято-Успенській Києво- Печерській лаврі. З 1802 — ректор і вчитель богослов'я Орловської духовної семінарії, настоятель Свенського монастиря Орловської єпархії з висвяченням у сан ігумена. 1804—10 — архімандрит Свято-Успенського монастиря в Уфі, ректор місцевої Уфімської семінарії. 1810—13 — настоятель Знаменського монастиря у Тобольську, ректор і вчитель богослов'я місцевої семінарії; 1813—14 — архімандрит волоколамського Свято-Йосипового монастиря під Москвою. З 15 лютого 1814 інспектор Санкт-Петербурзької духовної академії, 3 серпня того ж року удостоєний нововведеного ступеня доктора богослов'я. З 13 серпня — інспектор, професор богословських наук Московської духовної академії, з 1816 — її ректор і настоятель першокласного ставропігійного Свято-Воскресенського монастиря під Москвою, який іменувався Новим Єрусалимом. У квітні 1819 призначений, 1 липня вис-вячений на єпископа Калузького і Боровського. Багато зробив для будівництва й благоустрою храмів єпархії (було зведено та реконструйовано 25 церков), сприяв розвитку духовної семінарії, допомагав нужденним учням, боровся з розкольництвом. З ініціативи і за безпосередньою участю владики було засновано «Добрий» чоловічий монастир, 1821 — Свято-Іоанно-Предтечинський скит Оптиної пустині, куди не раз приїздив у 1820—40. З лютого 1825 — єпископ Рязанський, з серпня 1826 — архієпископ. З листопада 1826 — член комісії духовних училищ (цей обов'язок і службовий титул залишився за ним до кінця життя), з грудня 1826 до поч. 1828 брав участь у засіданнях Святійшого Синоду (у ці періоди жив у Санкт-Петербурзі). З лютого 1828 — архієпископ Казанський, настоятель Спаського монастиря. Організував в єпархії широку місіонерську діяльність (навернув у православ'я понад 5 тис. осіб), побудував кілька десятків нових храмів, відкрив багато парафіяльних училищ.
1829 заснував і брав участь у діяльності Комітету допомоги нужденним учням Казанської семінарії й нижчих, підлеглих їй училищ, пожертвував чималі кошти на цю справу, а також на допомогу постраждалим від голоду та епідемії холери 1830. З вересня 1836 —архієпископ Ярославський, але в єпархію не виїхав, перебував у Санкт-Петербурзі. У 1836—42 — член Святійшого Синоду. З 18 квітня 1837 — митрополит Київський і Галицький, священноархімандрит Києво-Печерської лаври. Першим з митрополитів Київських обрав Лавру місцем свого постійного проживання. Жив у корпусі № 2. Розробив для монастиря регламент духовного життя, багато зробив для його розбудови, із залученням у це власних коштів. Подарував діамантовий хрест, наданий йому під час призначення митрополитом, на оздоблення чудотворної ікони Успіння Божої Матері. За його архімандритства було споруджено нові оборонні мури навколо Лаври, два готелі й лікарню для прочан, зроблено кипарисові раки для святих мощей, побудовано нові будівлі в Голосіївській пустині, що стала літньою резиденцією митрополита. Брав участь в оновленні собору Святої Софії в Києві. 1839 відкрив у митрополичих покоях на території Софії Київської духовне училище. Багато допомагав нужденним. Читав лекції у Київській духовній академії. Уславився як проповідник, залишив понад 60 духовних творів (опубліковані 1827, 1846—47, 1857 — у 3-х т.) Був членом Імператорської Санкт-Петербурзької АН, Імператорського Московського товариства старожитностей російських, почесним членом Київської, Казанської, Санкт-Петербурзької і Московської духовних академій, Київського й Казанського університетів. 1841 таємно прийняв схиму у церкві Зачаття св. Анни на Дальніх печерах з ім'ям Феодосій.
Свій спадок заповів використати на потреби Київського попечительства бідних духовного звання, на утримання нужденних учнів Софійського духовного училища, третину — роздати убогим.
Помер у своїх покоях в будинку митрополита, 29 грудня 1857 похований за його бажанням у церкві Здвиження Чесного Хреста Господнього на Ближніх печерах (біля південної стіни, навпроти входу у печери), у кипарисовій труні, виготовленій ще за життя. У храмі зберігається надгробок владики.
1994 нетлінні мощі перенесли у Дальні печери. Канонізований як місцевошанований святий.
Підготовлено матеріали до канонізації владики як святителя. Біля поховання на стіні встановлено дошку з ім'ям митрополита.