За переказами, наведеними письменником і ченцем монастиря Афанасієм (Кальнофойським) у «Тератургімі» (1638), Дальні печери було започатковано у давні часи варягами. Найдавніший відтинок має назву Варязька печера, саме з нього почалося поступове розширення підземних ходів. Перші історичні свідчення про Дальні печери пов'язані з ім'ям пресвітера княжої церкви Спаса на Берестові Іларіона, який влаштував тут у серед. 11 ст. «печерку малу, двусаженну» для усамітнених молитов. Коли 1051 він став митрополитом Київським, то передав свій потаємний притулок ченцю Антонію, який щойно повернувся з прощі до Афону й шукав місце, де б оселитися. Антоній засну-вав у цьому місці самітницьку громаду, що перетворилася з часом на загальножитійний монастир. Під землею було створено ціле містечко з келіями та церквою. Пізніше ченці залишили своє первісне поселення і стали жити нагорі. Над печерами вони збудували невелику церкву Успіння Пресвятої Богородиці. Невдовзі, як свідчать історикопорівняльні та археологічні дослідження, вони переселилися разом зі своїм титарем Антонієм Печерським на інший пагорб, де було засновано Ближні печери. Попереднє місце проживання печерської громади залишилося пусткою (ймовірно, через високу вологість і значну стрімкість схилів), на що вказує обмеженість відповідного археологічного матеріалу.
Основний етап формування підземних споруд та ходів у Дальніх печерах і пов'язаного з ним цвинтаря припадає на післямонгольську добу. Найінтенсивніша розбудова Дальніх печер відбувалася в 16—17 ст. зі зростанням паломництва до них. Ці зміни простежу-ються на планах 1638, 1661—78 та 1702. До Дальніх печер ведуть два входи: західний — з церкви Зачаття св. Анни, східний — з нижнього ярусу Андріївської каплиці 17 ст., який здавна має назву «вертеп». Третій, найдавніший, був з боку Варязької печери, на урвис-тому схилі, зверненому до Дніпра (завалився в 17 ст.).
Структура плану Варязької печери, в якій довжина галерей непропорційно велика відносно корисної площі приміщень, характерна саме для печерних монастирів. Тому, вірогідно, що вона є залишком давньої християнської обителі. Однак у печері немає приміщення для церкви. З літопису відомо, що вже 945 серед варягів було чимало христи-ян, і київську церкву св. Іллі вони мали за соборну. Тому не виключено, що варязька дружина, розміщена при княжому дворі на Берестові, мала тут свою церкву, серед почту якої могли бути подвижники, котрі (як пізніше Іларіон) шукали усамітнення для молитов. Переслідування кн. Святославом християн у 971 і руйнування храмів могли призвести до запустіння Варязької печери. В кін. 11 ст. лаврські ченці Василій і Феодор знайшли в ній т. зв. варязьку поклажу — скарб коштовного начиння та посуд із золота й срібла бо-гослужбового вжитку. Це могли бути статки київських церков, сховані під час погрому 971. Можливо, перекази про цей осідок перших християн через 100 років привели до печерської обителі варяга Шимона, який багато зробив для спорудження наземного собо-ру Успіння Пресвятої Богородиці й прийняв православ'я.
Відомості про заснування Києво-Печерського монастиря починаються з паломництва Антонія до Афону, де він ознайомився з живою традицією печерножительства й став прихильником такого усамітнення, яке приводить до висновку про тлінність всього живого, а печерножительство виражає думку, що увесь створений світ є «могилою для людської душі», з якої вона прагне вивільнитися. Тому образ печери уподібнюється образу Святого Гробу Господнього в Єрусалимі, який фактично є невеликою печерою в скелі. Усамітнюючись за життя в печері, подвижники прагнули завдяки цьому вос-креснути в житті вічному. Прокопування нових ходів вважалося богоугодним, тому що людина упокорювала себе добровільною працею. Через це планування печер не завжди мало практичне застосування. Цим пояснюють і те, що галереї були тісні і не мали окремого виходу (часом справжні нори), вхід до них був тільки з келій — т. зв. обітниць, а також те, чому довжина ходів істотно перевищує корисну площу приміщень. Серед психологічних чинників слід відзначити, що людина, входячи до печер, відчуває зміну навколишнього середовища: ніби ґрунт змінює повітря, мирська суєта поступається темряві й тиші. Асиметрія й відсутність ритму членувань, притаманні плануванню й просторовій організації печер залежно від особливостей ґрунту, створюють ілюзію більшої довжини ходів, змінюють сприйняття простору й часу. Мінливість і нематеріальність, відсутність будь-яких прикрас у печерах — необхідні умови аскетичного побуту, якого дотримувалася спочатку вся братія.
Поки братії було мало, вона мешкала також у Варязькій печері. Коли ченців стало 12, вони викопали велику печеру, церкву, келії та заснували новий підземний монастир, відомий тепер як Дальні печери. Відтоді Варязька печера занепала вдруге. «Києво-Печерський патерик» в оповіді про Василія і Феодора преподобномучеників, які жили й були поховані у Варязькій печері, свідчить, що в 11 ст. вона ще використовувалася за призначенням. Визначити достовірно первісні та пізніші частини Варязької печери неможливо, оскільки вона не досліджена археологами і напівзруйнована. Розміри та форма її келій і галерей свідчать про пізніші переробки, відомостей про які немає. До нашого часу збереглося кілька келій та пограбованих поховань.
Планування Варязької печери приблизно визначено за планом 1769, коли вона була ще не надто зруйнована. Від входу печера вела на захід до келії, розташованої ліворуч від ходу. Праворуч, ближче до виходу, коротке відгалуження закінчується келією. Між цими двома келіями прокопано т. зв. шкуродер — хід, що має розміри бл. 30 х 50 см, в якому можна просуватися лише повзком. Такий хід призначався, як правило, для виконання обітниці чи для «умертвіння плоті», іноді — для церковної покути. Посередині цього ходу розташована келія № 5 — одна з найпізніших. Від келії № 2 зі зміщенням від осі головного входу веде пізніша гілка, що прямує на захід, поступово звужуючись, і закінчується поворотом на 90° (ця особливість вказує на те, що тут також мала бути келія). Від цієї гілки на північ відходить галерея № 6, що з'єднує Варязьку печеру з Дальніми печерами. Час її спорудження невідомий.
На плані 1638 на цьому місці показано велику крипту з похованнями. Вірогідно, гілка закінчувалася тупиком, який у 17 ст. з'єднали з Дальніми печерами (вперше хід позначений на плані 1702). Ще одне відгалуження (№ 7) давнє і за ситуацією має сполучатися з галереєю № 6. Цей хід завалився у 2-й пол. 17 ст. Інші відгалуження Варязької печери (№ 8 та № 9) ведуть до північного ходу й мають більш пізнє походжен-ня. Під час археологічних досліджень 1986—88 у Варязькій печері виявлено значну кількість графіті, у т. ч. давньоруського часу (від більшості збереглися лише окремі літери).
Дальні печери засновано як окремий комплекс, і спочатку вони не мали зв'язку з Варязькою печерою. Головною планувальною віссю Дальніх печер є магістральний хід від «вертепу» (№ 8) до церкви Благовіщення Пресвятій Богородиці (№ 9). Від цього ходу починаються всі інші відгалуження, переважна більшість яких спрямована на північ. Хід іде трохи ламаною лінією на південний захід, під кінець круто повертає на північ, далі — на схід, приводячи до церкви Благовіщення Пресвятій Богородиці. Ця церква вважається найдавнішою, викопаною ще в давньоруську добу. План печер підтверджує достовірність цього переказу. Те, що кінець магістрального ходу навмисне повернений на 180°, щоб привести саме до західного входу церкви, вказує на заздалегідь продуманий намір. Від західного входу у храм починається хід, що має форму майже замкненого трикутника, він приводить до північного входу до церкви. Обабіч цього ходу було багато поховань у локулах і три келії (за планом 1702). Від кінцевого рогу магістрального ходу починається відгалуження, що веде до галереї № 6 і далі з'єднане з Варязькою печерою. Майже у цьому місці до кін. 17 ст. існувало велике приміщення невідомого призначення. Короткий хід з трьома похованнями в локулах вів до безформеної порожнини, де було ще п'ять поховань (за планом 1638). На плані 1661 позначено, що це — система печер, яка складається з трьох келій навколо загального приміщення. їхні овальні форми вказують на напівзруйнований стан. Від цієї групи відходять дві короткі тупикові гілки: одна — в бік Варязької печери, друга — на північний захід. На плані 1702 вказано вже сучасний хід до Варязької печери й лише одну келію, розташовану там, де тепер міститься келія № 10. Інші на той час вже завалились. У 18 ст. зруйновано й останню келію, замість неї прокла-дено довгий хід на захід. Хід між № 11—17 прокладений у давньоруський час для зв'язку з Варязькою печерою. За планами 1638 і 1702, тут існували одне поховання в локулі та три келії, які були з'єднані між собою у 18 ст.

На всіх давніх планах Дальніх печер поховання в локулах зосереджені в тій частині ходів, які розташовані навколо церкви Благовіщення, що свідчить про їхнє давньоруське походження. Відгалуження, що веде до церкви Різдва Христового, започатковане Феодосієм Печерським, який зробив собі келію ліворуч від цього ходу (виявлена під час розкопок, проведених 1988). Перша згадка про неї належить до часу ігуменства Феодосія, коли ченці мешкали вже на поверхні. Виникнення церкви Різдва Христового та довколишніх ходів пов'язане зі збільшенням числа братії у 1058—62, що привело до їхньо-го переселення на поверхню. Після цього глибшу частину печер з церквою Благовіщення було відведено під цвинтар, у церкві Різдва, ближчій до входу, правилася служба для ченців. На цій ділянці також є кілька келій, деякі з них — давньоруського часу. Церква преподобного Феодосія Печерського з окремим виходом до яру заснована, як свідчить Афанасій (Кальнофойський), за його часів — у 1-й пол. 17 ст. Підземні церкви залишаються головними змістовними та емоційними акцентами печерних комплексів. Первісно вони були значно менші за розмірами й скромніше оздоблені. Характерна їхня риса — дотримання симетрії, що спостерігалося ще на поч. 18 ст. Церкви Благовіщення та Різдва мали невеликі притвори, у церкві преподобного Феодосія Печерського на плані 1638 зображено невелику конху — крилас. Такі півкруглі крила є типовими для афонських церков 12 ст., але розташування саме цього на східному боці дає можливість припустити, що це колишній вівтар. До сучасних розмірів церкви Дальніх печер розширено в 1-й пол. 17 ст. Тоді вони набули у плані асиметрії, обумовленої конструктивними вимогами та ситуацією.
Після землетрусу 1620 у Дальніх печерах проведено ремонтні роботи, за митрополита Петра (Могили) здійснено першу реконструкцію. Тоді було прокопано два нові ходи (№ 11 і 12), що дало змогу вільному доступу прочан, вздовж ходів прорубано нові аркасолії, в які перенесено більшість мощей преподобних. У 17 ст. замість дерев'яної каплички над входом у печери зведено цегляну двоповерхову вежу з маленькою церквою св. апостола Андрія у горішньому приміщенні (не збереглася). Нижній ярус (пізніше дістав назву «вертеп») зберігся дотепер — це приміщення, через яке входять до печер.
У 1-й пол. 18 ст. проведено ґрунтовну реконструкцію церков. Найбільшою стала церква преподобного Феодосія Печерського, склепіння якої підняли до 3,0 м. У 18 ст. з'явилися нові ходи від «вертепу» до церкви Різдва (№ 13; пізніше замурований, 1995 відкритий під час ремонту стіни) та сходова галерея, що вела від келії № 10 до церкви Зачаття св. Анни. В 1820-х рр. напрямок цієї галереї у нижній частині змінено, на північному боці влаштовано горизонтальну вентиляційну штольню. 1826 підлогу Дальніх печер викладе-но чавунними плитами, виготовленими у Брянську, деякі з них мають простий орнамент. 1913 за пропозицією Імператорської археологічної комісії стіни та склепіння печер було обкладено почасти цеглою, повністю потиньковано й пофарбовано під колір ґрунту. Наступні ремонти робили з метою підтримування печер у задовільному стані. Протяжність Дальніх печер (без Варязької) складає 293 м. Вириті на глибині від 5 до 20 м печерні ходи мають шир. 1,2—1,5 м, вис. — до 2,5 м. їхня архітектурна характеристика та мікроклімат тотожні Ближнім печерам (див. ст. 489.2.19). Значну мистецьку цінність мають виконані київськими майстрами в стилі українського бароко іконостаси храмів преподобного Феодосія Печерського (остання чв. 18 ст.) і Різдва Христового (1802). Іконостас церкви Благовіщення Пресвятій Богородиці виготовлено на поч. 20 ст. В інтер'єрах підземних споруд збереглися фрагменти поліхромних розписів.
Дальні печери — унікальна пам'ятка підземної архітектури 11—18 ст.
За усною монастирською традицією, пантеон Дальніх печер сформувався не раніше серед. 13 — 14 ст. У 1060-х — на поч. 1070-х рр. під час Великого посту у Дальніх печерах усамітнювався від братії ігумен Феодосій Печерський, який заповів поховати себе там. 1091 останки святого перенесли в собор Успіння Пресвятої Богородиці. Тривалий час у Варязькій печері жив Ісаакій затвірник — перший руський юродивий заради Христа (помер бл. 1090, похований у Ближніх печерах); на поч. 1090-х рр. — ченці Василій і Фе-одор преподобномученики (перепоховані у Ближніх печерах). 1156 у Дальніх печерах поховано Нифонта, єпископа Новгородського, 1385 — Діонісія, єпископа Суздальського (мощі першого з них тепер у Ближніх печерах). Чисельність і склад поховань некрополя Дальніх печер змінювалися: від 34 осіб у 1638 до 46 — в 1826 і стабілізувалися лише у кін. 18 — на поч. 19 ст. Останні поховання з'явилися в 1990-х рр.: 1992 у Дальні печери перенесли мощі митрополита Київського і Галицького Володимира (Богоявленського); 1994 — єпископа Тобольського і Сибірського Павла (Конюскевича) та митрополита Київського і Галицького Філарета (Амфітеатрова). Некрополь Дальніх печер складається, за монастирською традицією, з 47 іменних поховань, переважно 13—14 ст., та певної кількості безіменних поховань в окремих підземних приміщеннях. Мощі святих, як і в Ближніх печерах, покояться в дерев'яних раках, верхні кришки яких засклені в 1960-х рр. Раки встановлено в підземних галереях і церквах.
До складу собору преподобних Дальніх печер входять:
• Агафон чудотворець (13—14 ст., 20 лютого) [15] *
• Аммон затвірник (13—14 ст., 4 жовтня) [36]
• Анатолій затвірник (13—14 ст., 3 липня) [37]
• У круглих дужках позначено дати життя або смерті (якщо відомо) та дні пам'яті (за старим стилем), у квадратних — номер поховання на плані — с. 1379.
• Арсеній Працелюбний (13—14 ст., 8 травня) [27]
• Афанасій затвірник (13—14 ст., 2 грудня) [3]
• Ахілла, диякон (13—14 ст., 4 січня) [23]
• Веніамін, інок Печерський (13—14 ст., 13 жовтня) [25]
• Геронтій, канонарх Печерський (13 ст., 1 квітня) [10]
• Григорій чудотворець (13—14 ст., 8 січня) [13]
• Діонісій затвірник [серед. 15 ст. (?), 3 жовтня] [3] Євфимій схимник (13—14 ст., 20 січня) [26]
• Захарія постник (13—14 ст., 24 березня) [20]
• Зинон постник (13—14 ст., 30 січня) [17]
• Ігнатій, архімандрит Печерський (1-а пол. 15 ст., 20 грудня) [1]
• Іларіон схимник (бл. 1066, 21 жовтня) [7]
• Іпатій Цілитель (13—14 ст., 31 березня) [24]
• Йосип Багатостраждальний (13—14 ст., 4 квітня) [2]
• Кассіан затвірник [13—14 ст., 29 або 28 (у невисокосні роки) лютого] [28]
• Лаврентій затвірник (13—14 ст., 20 січня) [4]
• Леонтій, канонарх Печерський (13—14 ст., 18 червня) [44]
• Лонгин, воротар Печерський (13—14 ст., 16 жовтня) [11]
• Лукіан священномученик (1243, 15 жовтня) [8]
• Макарій, диякон (13—14 ст., 19 січня) [46]
• Мардарій затвірник (14 ст., 13 грудня) [35]
• Мартирій, диякон (13—14 ст., 25 жовтня) [16]
• Мартирій затвірник (13—14 ст., 25 жовтня) [33]
• Меркурій постник (13 ст., 4 і 24 листопада) [21]
• Мойсей чудотворець (13—14 ст., 28 липня) [5]
• Нестор Некнижний (13—14 ст., 28 жовтня) [19]
• Павло послушливий (13—14 ст., 10 вересня) [12]
• Паїсій, інок Печерський (13 ст., 19 липня) [22]
• Памво затвірник (1241, 18 липня) [41]
• Панкратій затвірник, ієромонах (14 ст., 9 лютого) [38]
• Пафнутій затвірник (13—14 ст., 15 лютого) [6]
• Пимен постник (13—14 ст., 7 серпня) [14]
• Піор затвірник (13—14 ст., сирна субота) [32]
• Руф затвірник (13—14 ст., 8 квітня) [34]
• Силуан схимник (13—14 ст., 10 червня і 10 липня) [42] Сисой схимник (13—14 ст., 6 липня) [45]
• Софроній затвірник (13—14 ст., 11 травня) [39]
• Тит воїн (13—14 ст., 27 лютого) [43]
• Феодор Мовчазний (13—14 ст., 17 лютого) [40]
• Феодор, князь Острозький (14—15 ст., 11 серпня) [9]
• Феофіл, архієпископ Новгородський (бл. 1482, 26 жовтня) [29]
• Серед інших поховань:
• Володимир (Богоявленський), митрополит Київський і Галицький (1848— 1918). День пам'яті — у найближчу неділю до 25 січня (або у цей день, якщо він недільний), в день поминання всіх сповідників та мучеників нових російських [31].
• Павло (Конюскевич), єпископ Тобольський і Сибірський (1705—1770). День пам'яті — 23 червня [30].
• Філарет (Амфітеатров), митрополит Київський і Галицький (1779 —1857) [18]. День пам'яті — 3 січня.
Усі поховання супроводжують іменні ікони (у більшості випадків встановлені в головах) та анотаційні таблиці, затворників — таблиці.
Особливо шанується частка мощей св. немовляти, безвинно убієнного Іродом, принесена в Лавру 1620 Єрусалимським патріархом Феофаном. День пам'яті — 29 грудня.
Крім перелічених, церковні джерела зазначають кільканадцять угодників, останки яких за різних обставин зникли або були перенесені з печер. В їх числі — засновник давньоруського чернецтва, ігумен Києво-Печерського монастиря Феодосій (збереглася його келія-усипальня, див. ст. 489.4.11.1); Єфросинія (Предслава) Полоцька (? — 23.05.1173) — засновниця кількох монастирів у Полоцьку, донька полоцького князя Святослава-Георгія Всеславича, або його брата Ростислава-Юрія, правнуків великого кн. Володимира, яка померла під час прощі в Палестині; згодом її мощі було перенесено в Київ, 1910 передано полоцькому Спасо-Преображенському монастирю (на Дальніх печерах залишена рака з часткою мощей).
Біографічні відомості про більшість упокоєнних у Дальніх печерах відсутні або не виходять за межі найзагальніших мотивів агіографічного жанру. Трьох з них (Захарію постника, Іларіона схимника, Пимена постника) за подібністю імен іноді ототожнюють з персоналіями «Києво-Печерського патерика», які жили в 11—12 ст. Кілька осіб можна ототожнити з відомими історичними постатями. Загальний день пам'яті — 28 серпня.
Тепер Дальні печери належать діючому монастирю [1519].