Зведення митрополичого будинку належить до часу найінтенсивнішої забудови і благоустрою пустині, коли вона перетворюється на літню резиденцію митрополита (1837-57) Філарета (Амфітеатрова; 1779-1857). На його замовлення проект будинку був складений київським єпархіальним архітектором П. Спарро, споруду зводили під керівництвом підрядчика К. Іванова.
Споруда є оригінальним зразком цивільної архітектури серед. 19 ст.
У радянський час будинок було передано сільськогосподарському інституту, 1993 повернуто церковній громаді, яка здійснила ремонтно-відбудовні роботи, відродила домову церкву.

На початку 2000х р. церковна громада знесла будинок згідно проекту відновлення-реконструкції Пустині як монастиря.