Син Володимира Мономаха великий князь Мстислав (1125—1132) заклав у Києві 1129 року церкву на честь св. Федора Тирона, на честь якого він носив хрестильне ім'я. Того ж літа «заложи Мьстиславь церковь калину святого вь Кневь». Літопис не інформує про закладення князем при церкві й монастиря. Але у 1146 році він вже існував, і в ньому прийняв схиму (постригся у ченці) вигнаний з князювання в Києві Ігор Ольгович, а 1147 року кияни його звідси витягли й вбили. В житії ж Мстислава заснування монастиря приписується саме йому. 

Очевидно, монастир був пошкоджений під час битв 1240 року. В 1259 році Данило Галицький вивіз звідси найкраще церковне начиння для своєї церкви Іоана Златоустого в Холмі. Право для такого вчинку йому давало, звичайно, походження з роду Мстислава, оскільки він був праправнуком засновника Федорівського монастиря. В ті часи вже не було в живих жодного зі старших нащадків Мстислава. Тим часом, монастир його прапрадіда, запустілий з часів монгольської навали, зберігав ще залишки своєї колишньої величі. Ймовірно, монастир припинив своє існування десь після 1240 року.

Протягом всієї своєї історії монастир був родовою усипальницею Мстиславичів. У 1838 році на розі вулиць Володимирської і Житомирської виявили фундаменти будівлі, складеної з квадратної цегли. У звіті про розкопки говорилося, що були відкриті дві невеликі паралельні стіни, орієнтовані із заходу на схід, і третя кругла стіна. До південної стіни була прибудована із однакового з нею матеріалу гробниця. Тут же були знайдені залишки фундаментів житлових монастирських будівель, що розташовувалися поруч із церквою. На думку дослідників, ці фундаменти слід пов'язувати з Федорівським монастирем, закладеним Великим князем Мстиславом Володимировичем 1129 року.