Споруджено з нагоди 400-річчя від дня смерті митрополита Київського Макарія, вбитого у 1497 перекопськими татарами в с. Скригалов поблизу м. Мозир (тепер Республіка Білорусь), де він правив службу під час подорожі з Вільна до Києва (мощі св. Макарія перебувають у Володимирському соборі в Києві). Архітектурно-художній абрис храму формувався у кілька етапів. Ініціатором будівництва був настоятель Свято-Федорівської церкви на Лук'янівці Костянтин (Терлецький). На клопотання ради Київського релігійно-просвітницького товариства рішенням Міської управи було виділено ділянку пл. 900 кв. сажнів.

Для підготовки будівельного майданчика 1896 було розрівняно вершину г. Юрковиця. Закладини відбулися 4 травня 1897. Церкву зведено за проектом і під наглядом єпархіального арх. Є. Єрмакова. Він же організував перевезення будівельних матеріалів та іконостаса розібраної церкви св. Димитрія Ростовського, що їх пожертвувала церковна громада Байкового цвинтаря в Києві.
Реставрували іконостас майстри Києво-Печерської лаври. Облаштування гори і зведення будівлі завершено до 1 листопада 1897. Освячення храму з благословення митрополита Київського і Галицького Іоанникія відбулося 30 листопада у день пам'яті св. апостола Андрія Первозванного. В урочистостях брали участь голова Київського релігійно-просвітницького товариства єпископ Сергій (Уманський), намісник Києво-Печерської лаври архімандрит Антоній, настоятель Видубицького Свято-Михайлівського монастиря архімандрит Євлогій, Київський, Подільський і Волинський генерал-губернатор граф О.Ігнатьєв, віце-губернатор П.Слєпцов, заступник міського голови О. Розов, члени товариства, представники Лук'янівського кураторства на чолі з його головою М.Чоколовим, студенти й викладачі Київської духовної академії, багато віруючих Києва. 1898 – 99 на північ від церкви прочани звели одноповерховий цегляний будинок школи з помешканням для парафіяльного священика. 1906 за проектом арх. Є. Єрмакова до храму добудовано бабинець, нартекс і дзвіницю, що надало йому завершеного вигляду й збільшило майже на третину. У 1920-х рр. у церкви відібрали приміщення школи, яке перетворили на житловий будинок, і одноповерхову будівлю дитячого притулку, де розмістили тубдиспансер.
У 1930-х рр. церкву пристосовано під лимарню, знищено баню, дзвіницю, внутрішнє оздоблення (у т. ч. іконостас). Взимку 1942 відновлено церковну громаду. Влітку того ж року проведено першочерговий ремонт, влаштовано вівтар, встановлено тимчасовий фанерний іконостас, зібрано деякі ікони.
Відродження Макаріївської церкви в 1945 – 48 пов'язано з ім'ям настоятеля Георгія (Єдлінського), який зумів об'єднати довкола храму парафіян та залучити до іконописних робіт художника І. Їжакевича, талановитих київських різьбярів, які працювали тут 1945 – 52. У сучасному вигляді мистецьке опорядження інтер'єра сформувалося впродовж 1942 – 91. До 1000-річчя хрещення Русі здійснено великий комплекс робіт щодо відбудови й оздоблення храму, благоустрою території. 1989 – 91 за архівними джерелами відновлено баню церкви та дзвіницю (автор проекту – арх. Л. Мамаєнко). 1997 до 500-річчя мученицької загибелі митрополита Макарія навпроти храму було влаштовано сквер і споруджено в ім'я священномученика альтанку-каплицю. Тоді ж повернено й відремонтовано приміщення колишньої парафіяльної школи.
Церква дерев'яна на цегляному підмурку, однонавна, двобанна. Стіни з бруса, обшитого ззовні дошками, дах двосхилий, критий бляхою. Перекриття пласке, балкове. Фасади пофарбовано у світло-блакитний колір, тинькований цоколь – у зеленувато-синій, дах – у яскраво-смарагдовий. Площини фасадів розчленовано високими прямокутними вікнами й тонкими лопатками, декорованими накладними дошками з геометричним рисунком. Над вівтарною частиною і бабинцем височать два шатрові верхи, вирішені як різновисокі восьмигранні двоярусні вежі, увінчані пірамідальними баньками з позолоченими ліхтариками-маківками. Завершені однотипними трикутними фронтонами бабинець та основний об'єм нави послідовно підвищуються, ніби нагромаджуючи зусилля, що реалізується у стрімкому злеті дзвіниці, яка відіграє роль основної домінанти храму. Дзвін відлито 1923 у Польщі.
Внутрішня структура храму складається з послідовно розташованих із заходу на схід сіней-бабинця, нави, з якою майже зливається ледь виявлений об'єм трансепта, і п'ятигранної апсиди з вівтарем. У західній частині над центральними дверима міститься крилас для хору (відновлений 1942), який спирається на шість восьмигранних дерев'яних стовпів. Крилас півколом виступає до середини нави і, перегукуючись з дугоподібними формами іконостаса, пом'якшує дещо жорстку прямолінійність та недостатню пластичність внутрішнього простору, що розгортається по горизонтальній осі й не має виражених висотних або світлових акцентів. Разом з тим, певна наближеність форм та габаритів храмового інтер'єра до звичайного помешкання надає йому своєрідного «домашнього» характеру. З північного боку, між трансептом і апсидою, розташована прямокутна в плані паламарня. Істотними деталями інтер'єра є дві циліндричні, обшиті металом високі груби, що ніби колони здіймаються на початку нави та на її межі з трансептом праворуч.
В архітектурному вирішенні Макаріївської церкви поєдналися традиції поширеного в Україні типу тридільного зрубного храму із запозиченням історичних форм північноросійської церковної архітектури, петербурзьких базилікальних православних храмів та ще стійких на межі 19 – 20 ст. ремінісценцій ампіру в спрощеному варіанті. Просторова організація та художнє оформлення інтер'єра значною мірою зумовлені конструктивними особливостями церкви. Нава-зала і трансепт добре й рівномірно освітлені десятьма високими вікнами. Світло-блакитний колір стін і стелі візуально збільшує розміри приміщення. Стіни вгорі по периметру оздоблено стрічкою темно-блакитного рослинного орнаменту. Над кожним вікном вміщено орнаментальну композицію з хреста темно-червоного кольору та блакитних пагонів. Головною окрасою інтер'єра є різьблений дубовий двоярусний іконостас та шість однотипних з ним монументальних кіотів з іконами, розміщених по обидва боки вздовж стін, їх виконано 1945 – 46 під керівництвом різьбяра П. Антоненка за первісним проектом іконостаса
О. Мурашка, за участю арх. К. Корж (родина Мурашків подарувала чотири ікони, які зберігаються в Макаріївській церкві: «Св. Микола Мірлікійський», «Богоматір Скоропослушниця», «Спас Нерукотворний», «Почаївська Богоматір»). Іконостас складається з десяти окремих секцій, що поступово вивищуються до центральної арки з царськими вратами, які займають лише половину центрального отвору. Напівциркульні завершення іконостаса помережано прорізним ажурним орнаментом та хрестами в оточенні виноградних пагонів. Внутрішню поверхню секцій, що межує з обрамленням ікон, вкрито неглибоким, проте досить пластичним різьбленим візерунком, в якому переважають видовжені, плавні вигини стилізованого листя.
В єдиній стилістиці з іконостасом вирішено кіоти. їх пишно орнаментовані карнизи підтримуються колонами з капітелями, основу композиції яких складає спрощена варіація аканта. Фусти колон декоровано гвинтоподібним надрізом, що уподібнює їх до витих. Нижня частина подекуди має різноманітну за профілем фасонну виточку. Колони встановлено на панелі-постаменти, оздоблені орнаментально-рослинною композицією навколо центральної квіткової розетки або хреста.
В орнаментальне ажурне плетиво іконостаса вписано сцену «Благовіщення» і образи чотирьох євангелістів. Над царськими вратами – композиція «Тайна вечеря», обабіч – намісні ікони Христа і Богоматері, що є копіями ікон худ. М. Нестерова у Володимирському соборі. У вирішенні образа Богоматері майстерно поєднано реалістичні художні засоби з вишуканим декоративізмом силуету й колористичною палітрою, що ґрунтується на сполученні яскраво-блакитного кольору мафорія та багатої гами сріблясто-сірих відтінків, у яких відчувається відлуння стилістики модерну. Над іконами Богоматері й Христа вміщено невеликі композиції – «Воскресіння», «Преображення» та «Вознесіння», виконані в пізньоакадемічній манері 2-ї пол. 19 ст. Далі від центру до флангів розташовано зображення перших давньоруських святих – князів Бориса і Гліба (також копії ікон худ. М. Нестерова у Володимирському соборі), святих Миколи Мірлікійського та митрополита Макарія. Над ними – майже мініатюрні образи преподобних Антонія і Феодосія Печерських формату тондо (походять з Борисоглібської церкви, збережені й подаровані А. Єдлінською), за ними – св. Варвари й преподобного Феодора Освященного, написаний І. їжакевичем зі свого друга Михайла (Єдлінського), настоятеля Борисоглібської церкви, св. Георгія Звитяжця та Жон-мироносиць. Образи іконостаса створювали 1947–52 учні І. їжакевича під його наглядом та за безпосередньою участю. Північна й південна стіни трансепта також декоровані двома покровами з композицією «Покладення в домовину».
Спеціально для Макаріївської церкви І. їжакевич написав також ікони «Микола Мокрий» і «Богоматір Несподівана Радість», розміщені в окремих кіотах. Написані олійними фарбами на тонких алюмінієвих пластинах з автографом майстра на звороті, обидві композиції є зразком вдалого поєднання в храмовому інтер'єрі власне іконописного живопису і жанрової сцени. На першій зображено радісну молитву безіменної киянки перед іконою св. Миколи Мірлікійського в Софійському соборі, де вона знайшла свою дитину, зниклу у водах Дніпра. Дещо діагональне вирішення простору в композиції дало змогу художнику органічно пов'язати уклінну постать жінки на першому плані зі сповненою урочистого спокою напівпостаттю Миколи Чудотворця в архітектурному обрамленні. Розлогий напис у нижній частині обрамлення ознайомлює з фабулою оповіді. Вирішений реалістично образ св. Миколи добре сприймається завдяки ефектам яскравого освітлення, сяянню білого, золотаво-вохристого і червоного кольорів, виразному світлотіньовому моделюванню. І навпаки, довколишнє середовище, конкретизоване кількома ретельно відібраними деталями (свічник, аналой, вікно тощо), занурене у зеленкувато-брунатну сутінь. Подібну композиційну схему, але в дзеркальному відображенні має ікона-картина «Богоматір Несподівана Радість». Грішник, який розкаявся (на це вказує ледь помітна біля його ніг сокира – зброя грабіжника), стоїть уклінно перед осяйним образом Богоматері, вирішений за типом Одигітрії. Яскравий пурпур мафорія Богородиці, золото німбів є тим основним тоном, якому підпорядковано колорит ікони, що й зумовило переважання темно-рожевих, бузкових, брунатно-фіолетових відтінків.
Трактований І. Їжакевичем як храмова ікона образ митрополита Київського священномученика Макарія належить до найзначніших творів митця з релігійної тематики. Використавши власний великий досвід монументального храмового розпису в Києво-Печерській лаврі, живописець прагнув на новому художньо-стилістичному ґрунті продовжити давні традиції київського іконопису. Невеликий розмір образа (бл. 40 х 30 см; дерево, олія) не перешкодив маляру створити масштабний художній твір. Напівпостать св. Макарія в урочистому золотавому строї, з хрестом і патерицею в руках представлений майже фронтально на абстрактному тлі. Загальна симетрія пом'якшена ледь помітним рухом вліво голови і корпусу. Численні орнаментальні деталі, намічені з ескізною легкістю, підпорядковані м'яким переливам світлотіні. За головою святого – жовтий диск німба ніби випромінює темно-рожеве сяйво, яке поступово згасає до країв ікони. Обабіч німба напис церковнослов'янською з ім'ям митрополита. Обличчя св. Макарія позначене глибиною психологічної характеристики. За зовнішнім спокоєм відчувається велика духовна сила людини, готової мужньо подивитися небезпеці у вічі. Художникові вдалося органічно поєднати вираз елегійного суму, відстороненості від усього земного і, водночас, рішучість та діяльну енергію. Зображенню обличчя святого притаманні багатство та витонченість тональних і колористичних нюансів, хоч у цілому колорит побудовано на стриманих сполученнях умбристо-брунатних, сизувато- сірих, червоно-коричневих та світло- вохристих відтінків. У лівій частині ікони, внизу влаштовано мініатюрний ковчежець-отвір з часткою мощей св. Макарія. Ікони-картини І. їжакевича «Микола Мокрий», «Богоматір Несподівана Радість» разом з образом митрополита Макарія (виставлено копію) є найціннішою частиною живописного оздоблення храму.
У кіотах вздовж стін вміщено ікони «Святі Гурій, Симон, Авів», «Св. Іоанн воїн», «Святі Віра, Надія, Любов та мати їхня Софія», «Св. Пантелеймон». Над останньою іконою, у тому ж кіоті, у невеликому круглому отворі вгорі – «Св. князь Володимир» – зменшена копія фрагмента ікони В. Васнецова у Володимирському соборі. Далі йдуть «Св. Трійця Новозаповітна», «Богоматір Покрова», над нею в круглому отворі – «Св. Олексій, чоловік Божий». Закінчується ряд кіотом із зображенням «Св. Серафим Саровський». Найцікавіші серед них ікони «Св. Іоанн воїн» і «Св. Пантелеймон», вірогідно, виконані за участю І. їжакевича, оскільки мають виразні ознаки його творчої манери.
Цікавими зразками іконопису кін. 18 – поч. 19 ст. є три малоформатні ікони «Спас Нерукотворний», «Богоматір з Христом-немовлям» і «Св. Микола Мірлікійський» у пишно декорованому в дусі необароко кін. 19 ст. кіоті біля південної стіни. Привертає увагу, з одного боку, спрощеність живописних прийомів, перевага золота в колористичному вирішенні, з другого – каліграфічно тонке й натуралістично конкретне відтворення деталей, що зближує їх з лубком поч. 19 ст.
Серед численних ікон на стінах, переважну більшість яких написано в пізньоакадемічній манері 2-ї пол. 19 – поч. 20 ст., на особливу увагу заслуговує образ «Св. Микола, архієпископ Мірлікійський» – визначний зразок українського сакрального малярства 18 ст. Ікону перенесли 1966 до Макаріївської церкви з Хрестоздвиженського храму на Подолі. Належить вона до «проявлених», тобто тих, які з часом самовисвітлюються. Перші ознаки цього процесу помітили у 1970-х рр. Тепер зображення проглядається майже в усіх деталях. Єдиним пізнішим доповненням є позолочений накладний променистий німб. Ікона велика за розміром (бл. 1 м заввишки) і завдяки ювелірній обробці живописної поверхні вражає своєю монументальністю. Св. Микола постає в архієпископському одязі і в митрі, які щедро вкриті різноманітним рослинним орнаментом та скрупульозно виписаними коштовностями. Євангеліє, що його тримає святий, декороване орнаментальними мотивами мушлів. Проте коштовні шати не відволікають від головного – лику св. Миколи. Обличчя й руки, як і постать у цілому, вправно змодельовані, риси обличчя витончені, шляхетні, вираз спокійний, навіть трохи суворий.
До 1000-річчя хрещення Русі на стелі вмонтовано три восьмигранні медальйони-панно: «Богоматір Покрова» (худ. С. Мамаєнко), «Христос Вседержитель із символами євангелістів» (худ. Л. Мамаєнко) та «Свята Трійця» (худ. Ю. Морозов). Найцікавіша з мистецького погляду перша композиція побудована на яскравих колірних акцентах червоного покрову Богоматері на світло-жовтому тлі. Бічні сегменти заповнені зображеннями херувимів, зірок та білих хмар. Композиція надає інтер'єрові додаткової урочистості, вона співзвучна з живописом іконостаса і кіотів на відміну від двох інших панно, що мають монохромне вирішення. Макаріївська церква є цінною, до того ж єдиною пам'яткою київської дерев'яної храмової архітектури кін. 19 – поч. 20 ст., що збереглася до нашого часу. Оздоблення інтер'єра завдяки участі в його створенні видатного живописця І. Їжакевича набуло високих мистецьких якостей та композиційної цілісності, чому сприяли також окремі коштовні ікони, подаровані парафіянами.
З 1 січня 1902 до 1918 у приміщенні школи діяло Свято-Макаріївське парафіяльне братство, завданням якого було зміцнення християнства у парафії, забезпечення добробуту церкви, опіка парафіяльної школи, денного притулку для дітей незаможних батьків. Братство складалося з почесних, дійсних довічних членів і членів-змагальників, загалом понад 70 осіб. Очолював його настоятель церкви з 1899 Михайло (Алабовський), заступником був гласний Київської міської думи О. Шефтель, який опікувався дитячим притулком. Серед членів – єпископ Чигиринський, вікарій Київської митрополії Платон, настоятель Борисоглібської церкви Михайло (Єдлінський), архімандрит Видубицького монастиря Євлогій, настоятель Свято-Федорівської церкви Костянтин (Терлецький), лікар, професор Київського університету П. Нікольський, художник М. Пимоненко, підприємці О. Терещенко, І. та М. Чоколови, гласний Міської думи І. Булава. У червні 1902 в церковному будинку відкрито денний притулок (дитячий садок), який відвідувало бл. 50 дітей ремісників, чорноробів, візників, дрібних торговців. Частину коштів на його утримання виділяли Дума та Лук'янівське дільничне попечительство нужденних. 1908 при братстві засновано безкоштовну бібліотеку. Настоятелем храму в 1930-х рр. був священик Никодим, репресований 1937. Тепер храм діючий, в будинку школи розміщені бібліотека, недільна школа, проскурня, трапезна, священицькі покої [740].