У 1820—21 у садибі, яка мала нові абриси після перепланування Подолу, зведено будинок священика, церковнопарафі­яльну школу й невелику дерев'яну дзвіницю (розібрана 1847). У 1840-х рр. увесь комплекс обнесено цегляно-де­рев'яною огорожею, яку пізніше замі­нили на глуху дерев'яну. 1861 на пів­денний захід від церкви, поблизу головного ґанку, закладено цегляну дзвіницю (в одному об'ємі з теплою церквою Пресвятої Богородиці). Спо­руджена за зразковим проектом, наді­сланим з Санкт-Петербурга замість по­даного на затвердження проекту арх. М. Іконникова. У кін. 19 ст. між церк­вою Миколи Набережного й дзвіницею влаштовано перехід у вигляді дерев'я­ного тамбура. Тамбур, огорожу й буди­нок священика розібрано у 1980-і рр., тоді ж розпочато реставрацію дзвіниці за проектом архітекторів І. Малакової та Г. Церковняка.

На високому цоколі, цегляна, тинько­вана, пофарбована, у плані прямокут­на, з напівкруглою пониженою вівтар­ною апсидою і триярусною шатровою дзвіницею над входом на західному фа­саді. Залу церкви перекрито коробовим склепінням. Конструкції різних за формою дахів (двосхилого — над за­лою, високого шатрового — над дзвіни­цею, пологого півсферичного — над апсидою) дерев'яні з металевим по­криттям, пофарбованим у зелений колір.

Вирішена у стилі історизм з елемента­ми російської архітектури 16—17 ст. Композиція будівлі симетрична віднос­но осі схід—захід. Лаконічно оформлену нижню частину споруди розчлено­вано арковими прорізами: чотирма вікнами на бічних фасадах і підвище­ним отвором входу, фланкованим плас­кими нішами на чоловому західному фасаді. Вхід і флангові ніші окреслено контурною трилопатевою аркою. Про­стінки з карнизними гуртами на рівні п'ят арок мають вигляд пілястрів. Акцентною частиною споруди є шатро­ва дзвіниця, побудована у площині західного фасаду за схемою «восьме­рик на четверику». Грані восьмерика, де чергуються дзвонові отвори та глухі ніші аркового абрису, увінчані трикут­ними щипцями, над якими на шатрово­му даху — декоративні слухові віконця. Четверик завершено карнизом на пло­щинному аркатурному поясі, що про­довжується вздовж схилів трикутного щипця чолового фасаду. Аркове го­рищне віконце в центрі щипця оформ­лено мальовничим обрамленням з бочкоподібних пілястрів і двосхилого кар­низного сандрика. Рівні площини обабіч віконця прикрашено чотирипе­люстковими нішками-хрестами. Карни­зи, профільовані обрамлення вікон, ніш та інші архітектурні деталі пофар­бовано у білий колір, тло фасадних стін — у жовтий, цоколь з відкритим муруванням — у брунатний.

Hастінний живопис, що зберігся в інтер'єрі, належить до серед 20 ст. Споруда є невід'ємною частиною архітектурного ансамблю Подолу. Тепер — трапезна церква святих Новомучеників українських Української автокефальної православної церкви.