Храм було присвячено архієпископу Миколі Мірлікійському — великому християнському святому, який жив у 4 ст. в м. Міра в Лікії. Уславився чудотворіннями за життя і по смерті. 1087 італійські купці перевезли мощі св. Миколи у своє рідне місто Барі, де вони покояться й досі. День їхнього прибуття — 9 (22) травня, як і день смерті святого — 6 (19) грудня відзначаються усіма християнами. Ім'я св. Миколи оповито масою народних пе­реказів, в яких він постає як найдемократичніший, найбільш простий і до­ступний святий. Він вважався покрови­телем моряків і мореплавства та дітей, а з часом — «усіх предстателем і за­ступником, усіх скорботних утішни­ком, усіх сущих у бідах захисником, благочестія стовпом, вірних речником». В Україні культ св. Миколи набув поширення з часів Київської Русі. Йо­му присвячено численні колядки, цик­ли легенд, пісень і духовних віршів, а день 6 (19) грудня став традиційним національним і дитячим святом.
За легендою, храм отримав назву «Ми­коли Доброго» (тобто Милостивого) від самого фундатора, вдячного святому за визволення з турецького полону в 1599. Церква була відома також через чудотворність головної ікони та існування тут до поч. 19 ст. шпиталю. У 17 ст. в умовах тиску католицизму підтримувалася козаками як осередок православ'я на Києво-Подолі. На поч. 18 ст. церква згоріла. Будівничим нового ансамблю, що зводився 1705—16, був священик, згодом протоієрей Симеон (Ширипа), який не тільки пожертвував власні ко­шти на відновлення храму, а й залучив інших доброчинців. 1706 споруджено нову цегляну тринавну трипрестольну церкву в стилі бароко з чудовим іконо­стасом, 1716 — дзвіницю, що зберегла­ся до наших днів. У другому ярусі дзвіниці було влаштовано церкву св.Симеона Стовпника (ангела покрови­теля церкви). Ансамбль значно пост­раждав внаслідок пожежі 1718, з 1787 служби відправляли тільки у Симеонівській церкві. 15 червня 1800 закла­дено новий храм Миколи Доброго у стилі ампір за проектом арх. А. Меленського (освячений 13 жовтня 1807). Будівництвом опікувалися парафіяни, значною мірою настоятель Іаков (Моїсеєнков) і титарі — купці Н. Сухо­та й І. Могилевцев. 1811 дзвіниця за­знала значних ушкоджень від пожежі, 1814—15 на ній встановлено нові дзвони. Під час реставрації у дзвіниці було відновлено малий храм в ім'я св. Варва­ри Великомучениці (освячений 10 лю­того 1829). Через те, що його було зроблено теплим, до 1880-х рр. взимку служби відправлялися тільки тут. 1875 ансамбль обнесено залізними ґратами на цегляному фундаменті. 1885 вели­кий храм переобладнано на теплий, капітально відремонтовано, 1902 розпи­сано. Поряд з ним містився будинок настоятеля (не зберігся). 1935 церкву Миколи Доброго зруйновано.
Дзвіниця побудована за проектом невідомого архітектора, ймовірно з Росії (зважаючи на архітектурну сти­лістику). 1781 здійснено ремонт.

Оче­видно, тоді ж до південного і західного фасадів прибудовано галерею з аркадою на другому поверсі, близькою за характером до папертей собору Різдва Пресвятої Богородиці у Козельці та ґанків Покровської церкви на Подолі у Києві, зведених арх. І.Григоровичем-Барським. Тому можна припустити, що прибудову виконано за проектом цього ж архітектора, який своєрідно інтер­претував пластику коринфських капі­телей колон аркади. Галерею вирішено у цегляних конструкціях як традиційне для дерев'яної храмової архітектури опасання надбрамної церкви, що роз­ташовувалася на другому ярусі дзві­ниці. Невеликі приміщення першого поверху було пристосовано під житло для паламарів. Прибудови кін. 19 ст. викривили зовнішній вигляд пам'ятки. У ході проведених 1964—69 рестав­раційних робіт (автор проекту — арх. М. Говденко) знесено прибудови кін. 19 ст., дзвіницю з добудованою галереєю-аркадою кін. 18 ст. реставровано у первісних формах. Ґрунтову поверхню ділянки понижено до рівня 18 ст. Дзвіниця цегляна, триярусна, тинько­вана, у плані прямокутна, під високим цегляним шатром з люкарнами у гра­нях, увінчаним декоративною маків­кою. Розміри у плані — 15,6 х 13,0 м. Висота до даху — 12,5 м, з шатром і маківкою — 28,0 м. Стіни завтовшки 1,7—1,8 м, у верхньому дзвоновому ярусі — 1,5 м. Стилістично вирішена у формах бароко з характерними для українського трактування елементами. Фасади розчленовано пілястрами та розкріпованими між'ярусними карни­зами. Пілястри нижнього ярусу оздоб­лено плетеницею, утвореною верти­кальними й горизонтальними цегляни­ми напівваликами, що перетинаються. Отвори брами, вікон, арок дзвонового ярусу та невеликі ніші декоровано профільованим обрамленням. Колони аркади приземкуваті, з великими ліпле­ними капітелями й класично профільо­ваними базами. Ребра цегляного шат­ра акцентовано гуртами у вигляді напіввалів. Перекриття над проїздом та приміщеннями першого і другого ярусів — циліндричні склепіння з роз­палубками над отворами. Перехід від четверика дзвонового ярусу до восьми­гранного шатра здійснено через аркові тромпи.
Пам'ятка є унікальною спорудою, що поєднує у собі особливості росій­ських шатрових дзвіниць та елементів українського бароко, яскраво виявле­них у характері вирішення аркади-галереї. Разом з розташованим навпро­ти ансамблем Покровської церкви ві­діграє роль архітектурної домінанти у заповідній частині Подолу. Настоятелями церкви були відомі цер­ковні діячі Іоанн (Сухобрусов), Павло (Преображенський), старостами — купці О. Фоломін — почесний блюсти- тель Київської духовної семінарії,
В. Кобець — голова Київського сиріт­ського суду, старшина Київського ку­пецького зібрання, П. Коробкін — гласний Міської думи.
З 1903 священиком, настоятелем церк­ви був Глаголєв Олександр Олександ­рович (1872—1937) — історик церкви і богослов, з 1899 доцент, з 1906 профе­сор кафедри єврейської мови і біблійної археології; з 1910 професор ка­федри Святого Письма Старого За­повіту Київської духовної академії. З 1903 священик, з 1914 протоієрей. Член Київського тимчасового комітету у справах друку. Член Церковно-архео­логічного товариства при Київській ду­ховній академії та Історичного товари­ства Нестора-літописця при універси­теті. Володів 18-ма іноземними мовами. Мав велику бібліотеку. 1911—13 висту­пав захисником у «справі Бейліса», протестував проти погромів. 1931 заарештований, шість місяців утримував­ся у Лук'янівській в'язниці. 1932 висе­лений з будинку, на сходовому майдан­чику другого ярусу дзвіниці обладнав кімнату, куди переніс книгозбірню. 1937 заарештований вдруге, утримував­ся у Лук'янівській в'язниці, де й помер під час допиту. Похований у брат­ській могилі на Лук'янівському цвин­тарі. Письменник М. Булгаков зробив о. Олександра одним із героїв роману «Біла гвардія». Російська зарубіжна православна церква причислила свяще­ника до сонму святих.
Тепер — храм греко-католицької Свя­то-Михайлівської парафії [801].