Будинок ймовірно був побудований у 1909р. До революції 1917р. використовувався за прямим призначенням. На поч. 1920-х рр. коли за рішенням радянської влади на території монастиря розташували дитячий будинок став одним з рядових корпусів. Згодом на базі скиту було організовано птахо-молочний радгосп «Феофанія» Київського союзу робітничої кооперації. Данних про використання будівлі в цей час немає. Згодом рішенням секретаріату президії ВУЦВК від 15 вересня 1930 усі чотири церкви Феофанії закрито, монастирські приміщення передано союзу робітничої кооперації та його агрошколі.

До початку військових подій 1941р. в цьому будинку розміщувався філіал Київської психіатричної лікарні. Під час окупації Києва гітлерівці розстріляли хворих і відкрили тут госпіталь для німецьких солдатів. Будинок зазнав пошкоджень від артилерійських обстрілів.

У повоєнний час (1948р.) його передано Інституту енергетики АН УРСР для розміщення лабораторії обчислювальної техніки.
1949—51рр. тут працював засновник і завідувач лабораторії Лебедєв Сергій Олексійович (1902—74) — основоположник вітчизняної електронної обчислювальної техніки, акад. АН УРСР (з 1945) і АН СРСР (з 1953), Герой Соціалістичної Праці (1956), у 1946—51 — директор Інституту енергетики АН УРСР (з 1947 — Інститут електромеханіки, з 1964 — Інститут електродинаміки АН УРСР). У цей же період за сумісництвом працював завідувачем лабораторії Інституту точної механіки та обчислювальної техніки АН СРСР у Москві (1950—53).
Одним з перших в СРСР почав розробляти проблеми стійкості та автоматизації енергетичних систем. За розробку і впровадження пристроїв компаундування генераторів електростанцій у 1950 удостоєний Державної премії СРСР. Одночасно керував дослідженнями в галузі електронної обчислювальної техніки й теорії лічильних пристроїв. З цією метою за сприяння віце-президента АН УРСР акад. М. Лаврентьєва в інституті створив і очолив лабораторію, в якій здійснювалися роботи з проектування і спорудження малої електронної лічильної машини «МЭСМ» («МЕЛМ»). Протягом 1948 було розроблено головні принципи її побудови й структуру, 1949 отримано основні технічні рішення. Того ж року роботи зі спорудження електронної обчислювальної машини (ЕОМ) перенесено в будинок лабораторії в Феофанії. Для неї відвели приміщення на першому поверсі лівого крила будинку. На другому поверсі дві кімнати влітку займав С. Лебедєв з родиною, в інших кімнатах постійно мешкали деякі працівники лабораторії. Всього над спорудженням першої в СРСР і континентальній Європі ЕОМ під керівництвом С. Лебедєва в цьому будинку працювало 11 науковців і 15 техніків. Після пробного введення в дію ЕОМ, що налічувала 6 тис. електронних ламп, різко підвищилася температура приміщення, що викликало необхідність зняття частини стелі. 1950 роботу з монтування макету машини було повністю завершено й 6 листопада відбулась його демонстрація вузькому колу фахівців. У грудні 1951 «МЭСМ» («МЕЛМ») здано в експлуатацію. 1952 роботу колективу науковців зі створення першої в СРСР ЕОМ, що поклала початок вітчизняній школі програмування, було представлено на здобуття Державної премії, але її не було присуджено через пануюче на той час в СРСР негативне ставлення до кібернетики як науки. Пізніше єдина в країні ЕОМ інтенсивно використовувалась у рішенні завдань, що мали важливе державне значення.

Після від'їзду С. Лебедєва до Москви в 1956 лабораторію було переведено із Феофанії в Інститут математики АН УРСР з ініціативи його директора Б. Гнєденка. Того ж року її очолив акад. В. Глушков. 1957 лабораторію обчислювальної математики і техніки Інституту математики АН УРСР реорганізовано в Обчислювальний центр АН УРСР, на базі якого 1962 створено Інститут кібернетики АН УРСР. 

Після розвалу СРСР та набуття України статусу незалежної держави теріторію скіта було повернуто церкві. З 1990 будівля використовувалась як головний адміністративно-господарчий корпус монастиря.