За гіпотезою історика М. Присьолкова, під цим ім'ям у печері переховувався Іларіон — перший митрополит Київський з місцевого духівництва (1051-54). Позбавлений сану через неканонічне поставлення на загальноруську кафедру кн. Ярославом Мудрим та протидію візантійській духовній експансії. Зазнав гонінь від великокнязівської влади за постриг двох дружинників кн. Ізяслава Ярославича. У 1060-х рр. змушений втекти у Тмутаракань, 1066 повернувся до Києва, 1073 залишив монастир після того, як містом насильницьки заволодів чернігівський кн. Святослав Ярославич. 1077 обраний печерським ігуменом.

Здійснив постриг преподобних Агапіта, Варлаама, Єфрема, Феодосія та ін. Вважається, що завдяки Никону Печерський монастир був духовним училищем для майбутніх архієреїв, та своєрідною чернечою єпископією, яка впродовж всієї історії православної церкви мала величезний вплив на слов'янські народи. Створив перший систематичний виклад руської історії — «Києво-Печерський ізвод» (1072—73), уславився як обдарований проповідник та вчитель. День пам'яті — 23 березня [1470].