За писемними джерелами, історія Ближніх печер починається після 1062, коли з Дальніх печер Антоній Печерський переселився у викопану ним печеру (звідси й інша назва — Антонієві). Невдовзі на Ближніх печерах утворилася друга печерна громада, яка разом з «Ветхим монастирем» (на Дальніх печерах) становили Печерний монастир. Після спорудження у 1070-х рр. собору Успіння Пресвятої Богородиці більшість братії переселилася на верхню територію Лаври. За описом львівського купця М. Ґруневега 1584, вхід під «горою закрито заґратованими дверима». В 16-17 ст. прочанами та мандрівниками відвідувалися в основному Ближні печери. В 18 — на поч. 20 ст. сформувався наземний архітектурний комплекс Ближніх печер. Протягом їх існування з метою запобігання руйнації проводилися протизсувні й дренажні заходи. У 1-й пол. 1960-х рр. у печерах проведено ремонт, 1976-80 — реставраційні роботи.
Результати археологічних досліджень печер 1930-х рр. не збереглися. Наступні дослідження 1977-79 провів загін Київської археологічної експедиції Інституту археології АН УРСР під керівництвом І. Мовчана разом зі співробітниками Києво-Печерського заповідника. Комплексно вивчено підземну архітектуру, археологічні та антропологічні матеріали.
Підземні ходи вирито в товщі пісковику на глибині від 5 до 20 м від денної поверхні землі у лесовому ґрунті, що має достатню міцність і водночас легко піддається обробці шанцевими інструментами й не потребує додаткового кріплення.
За формою і розмірами підземні ходи було пристосовано до габаритів людського тіла, тому їхня первісна висота в середньому дорівнювала зросту людини — 1,5—1,8 м, а ширина розраховувалася так, щоб двоє могли розминутися, і дорівнювала 0,7—1,0 м. Тепер їхня висота сягає до 2,0 м. Довжина відкритих для огляду печерних коридорів становить 228 м. Загальна довжина печерного комплексу разом з локулами та криптами складає понад 600 м. За писемними джерелами, у Ближніх печерах було поховано ченців Печерського монастиря та світських осіб давньоруської доби. «Києво-Печерський патерик» згадує понад 180 похованих. Переважну більшість поховань здійснено в стінах печерного лабіринту. В різних його частинах виявлено порожнини штучного походження: локули, крипти, аркасолії.
Локули — поховальні ніші, розраховані на одного небіжчика. Обстежено 133 добре збережені локули, розташовані у стінах в один, два, іноді й три яруси, викопані перпендикулярно стосовно проходів. Досліджено 16 крипт, які спочатку використовувалися для групових поховань, пізніше їх інколи перетворювали на приміщення, куди складали кістки, вийняті із старих локул для нових поховань. Археологічними дослідженнями встановлено, що в Ближніх печерах містилося 179 локул і крипт, де поховано 212 небіжчиків. Остеологічні залишки, знайдені в криптах в неанатомічному стані, свідчать, що кількість похованих в лабіринті була в кілька разів більша, а локули і крипти використовувалися для поховань багаторазово.
В найдавнішій частині печерного коридору виявлено новий, раніше невідомий поховальний обряд — поховання небіжчика під підлогою, в заглибленнях, викопаних у пісковику. Місця таких поховань було позначено великими кованими цвяхами, вбитими в щілини бруківки, викладеної з цегли. Під підлогою знайдено 17 поховань, 14 з них — у дерев'яних трунах. У дев'яти випадках вони виготовлені з соснових колод великого діаметра, верхня частина яких відколювалась у вигляді дошки і служила віком труні, в нижній видовбувалася порожнина для тіла небіжчика. Усі 14 поховань у дерев'яних трунах повністю або частково муміфіковані. В одинадцяти трунах усередині був пісок, який, ймовірно, сприяв муміфікації тіла. Можливо, це були найдавніші поховання у Ближніх печерах. Пізніше поховання було перекрито великоформатною брущатою цеглою, зверху насипано пісок, на який 1826 укладено чавунні плити.
Аркасолії — аркоподібні ніші для поховань в стіні печери, куди клали померлого вздовж стіни, з'явилися в Ближніх печерах, напевно, не раніше 17 ст. Існування тут т. зв. келій затвірників до перетворення їх на місця поховань не виявлено. Обстеження лежанок у криптах показало, що вони використовувалися винятково для розміщення на них небіжчика. Ровик і валик по краю лежанки не мали слідів затертості.
Під час дослідження печер виявлено дві раніше не відомі стародавні ділянки печерного лабіринту. Одна з них (довж. ходу — 65,1 м, шир. — 1,0—1,5 м, вис. — бл. 1,0 м) міститься поряд з похованням Меркурія. Вхід на цю ділянку був в аркасолії, зробленій для раки з мощами Пимена Багатохворобливого. Давній хід, прокладений в обвалі повторно, ніби продовжував вулицю, що вела від підземних церков Введення у храм Пресвятої Богородиці і преп. Варлаама Печерського на схід. За 9,5 м від початку ходу досліджено відгалуження (довж. — 11,5 м), в якому виявлено дві однолежанкові крипти без поховань. Можливо, після обвалу їх перенесено в інше місце. За 16,5 м від входу до нової ділянки печер містилася підземна церква, зруйнована внаслідок зсуву гори. Стіни храму (довж. — 6,0 м) викладено плінфою на глиняному розчині (розміри цегли аналогічні розмірам плінф собору Успіння Пресвятої Богородиці). На склепіннях підземного приміщення збереглися незначні фрагменти розпису у вигляді орнаментальних мотивів і хрестів, виконаних мінеральними фарбами безпосередньо по гладенько затертому пісковику. Виявлена в церкві плінфа дає можливість датувати підземну споруду кін. 11 ст. У давнину в ній, імовірно, зберігались якісь монастирські святині, про що свідчить проритий сюди після зсуву хід, спорудження якого було пов'язане з великим ризиком для життя та трудомісткою роботою. Це найдавніший храм з чотирьох церков Ближніх печер, три з яких існують і досі.
Друга стародавня ділянка печер, досліджена 1977—79, починається в аркасолії з ракою Нестора Літописця (довж. — 76,5 м). Хід, закладений цеглою, відгалужувався від головного печерного коридору на північ (довж. — бл. 14,0 м, шир. — від 1,0 м до 2,5 м). В західній і східній його стінах розміщено дванадцять локул і п'ять крипт (нині хід замуровано). Крайнім північним приміщенням цієї частини печерного лабіринту є прямокутна у плані крипта з півциркульним склепінням (2,6 х 2,2 м) з трьома лежанками по боках стін. Найцікавіші знахідки на цій ділянці зафіксовано 1951 та вперше досліджено написи — графіті, виконані переважно у 1-й чв. 17 ст. українською, російською, польською та один вірменською мовами. Винятковий інтерес становить давньоруський напис, датований 1150. Його виявлено над входом до вищезгаданої крипти, вхід до якої оформлено у вигляді декоративної арочки — ніші. В ній на твердому коалізованому піску каліграфічним почерком виконано напис (вис. літер — 2,5 см). Чіткість і рельєфність літер підкреслено червоною фарбою в їх заглибленні. Текст складається з шістьох рядків, три нижні дуже пошкоджені. На рівні першого і другого рядків на поверхні стіни помітно сліди розлініювання, що передувало написанню тексту. Напис, що є унікальною пам'яткою давньоруської писемності, повідомляє рік спорудження крипти для поховання (ім'я особи не встановлено через псування останніх рядків). Перед входами в деякі інші крипти помітно сліди аналогічних написів. Можливо, що подібні пояснювальні або пам'ятні написи у 12 ст. робили і над іншими криптами, причому виконувалися вони не з ініціативи самих писців, а за вказівкою чи на замовлення керівництва монастиря. Знайдений напис є одним з уцілілих у печерах офіційних написів, зроблених за вказівкою ігумена. Матеріали археологічних досліджень зберігаються у фондах Національного Києво-Печерського історико-культурного заповідника.
Планування печер обумовлено природними чинниками (особливостями породи, наявністю підземних вод та ін.). У печери ведуть три входи. Первісним, імовірно, є західний, влаштований у притворі церкви Здвиження Чесного Хреста Господнього. Неподалік від нього — перехрестя, від якого відходять три головні гілки (вулиці) печерного комплексу. Прямо на північ веде вулиця, на якій містився давній цвинтар, тому вона має назву Поховальна. Ліве відгалуження веде до т. зв. трапезної спільної — приміщення, просторішого за келії, в якому вздовж стін улаштовано сидіння. За давньоруських часів тут відбувалися трапези печерних насельників. Відгалуження круто повертає на схід, йде до повороту на головну магістраль — Печерну, або Жилу вулицю, що прямує на північ. У давнину вулиця продовжувалася на схід до церкви преподобного Антонія Печерського. Назва вулиці походить від великої кількості келій-печер. У «Тератургімі» Афанасія (Кальнофойського) 1638 наведено опис келії Ісаакія затвірника. Вона мала маленьке віконце, обабіч входу — два виступи, один з яких використовувався як ліжко і мав заглиблення для постелі, другий правив за стіл. У стіні робили ніші для ікони або свічки. Келії було перекрито вирубаними у Трунті склепіннями пл. До 6 кв. м. Первісні розміри келії: 6,2 х 0,4 м (2,48 кв. м). Призначалися вони для житла ченців у давні часи та для усамітнених молитов.
За афонським обрядом, через певний час після поховання кістки померлих ченців викопували і переносили у спеціальну усипальню, черепи братія могла забрати у свої келії. У Києво-Печерській лаврі цієї традиції дотримувалися до кін. 17 ст.: кістки складали в порожні келії. Припускають, що приміщенням для зберігання кісток була т. зв. крипта убієнних Батиєм.
Загальний план печер і досі не визначено, особливо їхньої північної частини. Наприклад, хід, що має назву Несторового, на дві третини прокопано крізь завали більш ранніх печер. 1620 внаслідок землетрусу печери завалились. Уцілілі відремонтували, Печерну вулицю обклали цеглою. Деякі завалені ділянки — систему ходів навколо «крипти убієнних Батиєм» та приділ Нестора розчистили у кін. 20 ст. Графіті, досліджені в першому з них, виконано не пізніше 1-ї чв. 17 ст. Вони підтверджують, що після землетрусу ці приміщення не використовувалися.
В 1630-х рр. за митрополита Київського і Галицького Петра (Могили), який був одночасно архімандритом Лаври, у печерах проведено значні роботи з упорядкування некрополя та підземних споруд: відновлено завалені під час землетрусу ходи, розтесано стіни центральної вулиці, вздовж яких на вис. бл. 0,5 м від рівня підлоги зроблено просторі аркасолії завглибшки бл. 0,5 м і завдовжки бл. 2,0 м. У них розміщували труни для показу прочанам мощей преподобних. Аналогічні розміри мають локули. Горловину локул — місця поховання ченців — закривали дерев'яною заслінкою з написаним на ній ім'ям похованого. Тоді ж прокопано другий вхід, розташований тепер у церкві Здвиження Чесного Хреста Господнього. За допомогою кутомірних приладів було виготовлено плани підземель з нанесеними на них визначними реліквіями. Третій вхід — на сході — з'явився 1700 одночасно з будівництвом церкви Здвиження Чесного Хреста Господнього; він веде з галереї, що прилягає до вівтарної частини. Внаслідок перебудов 17—18 ст. Ближні печери змінили первісні розміри. Більшість печерних ходів перетворено на галереї до 1,5 м завширшки та до 2,5 м заввишки. У багатьох місцях їх обкладено цеглою та тиньковано. У 1760-х рр. підлогу галерей викладено чавунними плитами, частково орнаментованими. Під плитами збереглися рештки давньої цегляної підлоги.
На Печерній вулиці, ближче до входу у печери, розташована найдавніша церква — Введення у храм Пресвятої Богородиці (11 ст.). На плані Афанасія (Кальнофойського) 1638 вона має вигляд тридільної: на сході — власне церква, за вівтарем якої показано двері до ризниці, або паламарні, далі — притвор з похованнями кількох преподобних. На протилежному боці вулиці — ще один притвор неправильної форми з кількома похованнями. Такою самою за структурою була і церква преподобного Антонія Печерського, влаштована у 16 ст. Навпроти входу у храм розташована келія Антонія Печерського.
1691 за митрополита Київського і Галицького Варлаама (Ясинського) споруджено підземну церкву в ім'я преподобного Варлаама Печерського. Для храму було використано давню келію. Спочатку він відтворював форми давніх церков. Після пожежі 1718 всі підземні церкви Ближніх печер перероблено й збільшено. З пошкодженого собору Успіння Пресвятої Богородиці у печерні храми перенесено і встановлено (як конструктивні підпори) кілька мармурових фрагментів колон давньоруського часу. Два фусти колон від вівтарної перепони собору потрапили у церкву преподобного Aнтоніна Печерського; дві колони від напрестольної сіні — у церкву Введення у храм Пресвятої Богородиці; мармурові одвірки одного з порталів собору — у церкву преподобного Варлаама Печерського. Після реконструкції церкви Ближніх печер (особливо Введення у храм Пресвятої Богородиці та преподобного Антоніна Печерського) стали нагадувати крипти римських катакомб. їхній простір так само розділено двома колонами: у західній частині обабіч розташовані раки з мощами; у східній частині вівтаря є місце для проходу. Іконостаси всіх церков відлито з міді та позолочено. Для церков Введення у храм Пресвятої Богородиці та преподобного Варлаама Печерського їх виконав у 1814—19 відомий київський золотар Ф. Коробкін (Коробка), для церкви преподобного Aнтоніна Печерського — З. та Ю. Бризгунови. Іконостаси церков Введення у храм Пресвятої Богородиці та преп. Aнтoнiя Печерського втратили первісні царські врата. У храмах збереглися фрагменти поліхромних розписів. Ближні печери використовувалися монастирською братією до кін. 1929 (підпорядковані заповіднику постановою ВУЦВК та РНК УСРР від 29 вересня 1926) та з кін. 1941 до лютого 1961. У 1961—65 закриті для відвідування. В квітні 1990 за постановою уряду знову передані в користування монастирю. Ближні печери — цінна пам'ятка підземної монастирської архітектури 11—19 ст. Сухий ґрунт і постійна температура сприяли муміфікації тіл похованих. Внаслідок гігієнічних та мікрокліматичних обстежень, проведених 1988—90, встановлено, що середньодобові показники температури у печерах змінюються у межах 7—19° С, відносна вологість — 75—99 відсотків. Найнижча температура — взимку та навесні. Добові коливання температури й вологості сягають у середньому 2—4° С й відповідно 3—4 відсотки.
У серед. 12 ст., як повідомляється в житії Лаврентія затвірника у «Києво-Печерському патерику», підземний цвинтар стали вважати місцем упокоєння праведників, що є першим свідченням офіційного шанування культу печерських святих. Під час монголо-татарської навали 1240 некрополь Ближніх печер зазнав плюндрування. Найцінніші реліквії, зокрема мощі Лнтонія Печерського, були сховані під спудом. 1482 монастир пограбували війська татарського хана Менглі-Гірея.
З кін. 14 ст. культ печерських святих відроджується. Під 1462 в «Києво-Печерському патерику» вперше згадується доглядач (начальник) підземного некрополя, що вказує на зростання паломництва до святині. Особливого розмаху вшанування печерських святих досягло у кін. 16 — 2-й пол. 17 ст. у зв’язку із загостренням в Україні національно-релігійної ситуації. У Києво-Печерському монастирі ретельно фіксували всі випадки чудотворення мощей, зокрема про це йдеться в «Патериконі» 1635 Сильвестра (Косова), «Тератургімі» 1638 Aфанасiя (Кальнофойського) та ін.
Сучасний склад і чисельність мощей підземного некрополя Ближніх печер сформувалися у 2-й пол. 18 ст. і зросли з 68 поховань у 1638 до 73 в 1826. У 1938 та 1988—90 тут проводилися комплексні медико-антропологічні дослідження мощей, що, як і археологічні розкопки 1977-79, дали важливі наукові результати. Зокрема, здійснено особову ідентифікацію останків найвідоміших історичних осіб, встановлено їхній прижиттєвий вік і давність поховань. Пантеон Ближніх печер складається, за монастирською традицією, з 73 іменних поховань, головним чином, 11—13 ст. та великої кількості безіменних могил, розташованих у локулах, аркасоліях і криптах уздовж підземних вулиць та в підземних церквах. День пам'яті собору святих Ближніх печер — 28 вересня. У Ближніх печерах містяться раки з мощами преподобних:
Авраамій затвірник (12—13 ст., 29 жовтня) [19]*
Авраамій Працелюбний (12—13 ст., 21 серпня) [32]
Агапіт Лікар (бл. 1095, 1 червня) [12]
Алексій затвірник (13 ст., 24 квітня) [54]
Аліпій (Алімпій) Іконописець (бл. 1114, 17 серпня) [24]
Анастасій, ієродиякон, преподобномученик (12 ст., 22 січня) [20]
Анатолій затвірник (12 ст., 3 липня і 31 жовтня) [30]

Антоній Печерський (бл. 983— 7 травня 1073, 7 травня і 10 липня) [1]
Арефа затвірник (12 ст., 24 жовтня) [25]
Афанасій затвірник (бл. 1176, 2 грудня) [11]
Варлаам, ігумен Печерський (бл. 1065, 19 листопада) [60]
Василій преподобномученик (1098, 11 серпня) [5]
Григорій Іконописець (11—12 ст. або 1105, 8 серпня) [53]

Григорій чудотворець (25 травня 1093, 8 січня) [40]
Даміан Цілитель (1071, 5 жовтня) [7]
12. греків-будівничих (11 ст., 14 лютого) [18]
Елладій преподобномученик (12—13 ст., 4 жовтня) [46]
Еразм (бл. 1160, 24 лютого) [59]
Євстратій преподобномученик (1097, 28 березня) [47]
Єфрем, єпископ Переяславський (бл. 1098, 28 січня) [13]
Ієремія Прозорливий (бл. 1070, 5 жовтня) [45]
Ілля Муромець (бл. 1188, 19 грудня) [16]
Іоанн, брат Феофіла (11—12 ст., 29 грудня) [57]
Іоанн Багатостраждальний (бл. 1160, 18 липня) [43]
Іоанн отрок, варяг, першомученик Київський (983, 12 липня) [15]
Іоанн постник (12 ст., 7 грудня) [2]
Ісаакій затвірник (бл. 1090, 14 лютого) [10]
У круглих дужках позначено дати життя або смерті (якщо відомо) та дні пам'яті (за старим стилем), у квадратних — номер поховання на плані.
Ісайя чудотворець (1115, 15 травня) [31]
Іуліанія, княжна Ольшанська (бл. 1550, 6 липня) [4]
Кукша священномученик (поч. 12 ст., 27 серпня) [36]
Лаврентій затвірник, єпископ Туровський (бл. 1194, 29 січня) [29]
Лука, економ Печерський (13 ст., 6 листопада) [17]
Макарій постник (12 ст.,19 січня) [35]
Марко Печерник, гробокопач (межа 11—12 ст., 29 грудня) [56]
Матфей Прозорливий (бл. 1085, 5 жовтня) [38]
Меркурій, єпископ Смоленський (1239, 7 серпня) [50]
Микола Святоша, князь луцький і остерський (1143, 14 жовтня) [41]
Мойсей Угрин (бл. 1043, 26 липня) [44]
Нектарій, інок Печерський (12 або 13 ст., 29 листопада) [55]
Нестор Літописець (бл. 1114, 27 жовтня) [48]
Никодим проскурник (12 ст., 31 жовтня) [8]
Никон Великий, ігумен Печерський (1088, 23 березня) [21]
Никон Сухий (бл. 1101, 11 грудня) [14]
Нифонт, єпископ Новгородський (21 квітня 1156, 8 квітня) [33]
Онисим затвірник (12—13 ст., 21 липня і 4 жовтня) [39]
Онисифор сповідник (1148, 9 листопада) [28]
Онуфрій Мовчазний (12 ст., 21 липня) [42]
Пимен Багатохворобливий (1110, 7 серпня) [49]
Пимен постник (поч. 12 ст., 27 серпня) [37]
Полікарп, архімандрит Печерський (24 липня 1182, 24 липня) [6]
Прохор Лободник (Лебідник) (1107, 10 лютого) [3]
Сава, інок Печерський (12 або 13 ст., 24 квітня) [51]
Сергій послушливий (13 ст., 7 жовтня) [52]
Сильвестр, інок Печерський (12 ст., 2 січня) [34]
Симон, єпископ Владимирський (22 травня 1226, 10 травня) [23]
Сисой затвірник (12 або 13 ст., 24 жовтня) [27]
Спиридон проскурник (12 ст., 31 жовтня) [9]
Тит, пресвітер Печерський (бл. 1190, 27 лютого) [58]
Феодор преподобномученик (1098, 11 серпня) [5]
Феофан постник (12 ст., 11 жовтня) [22]
Феофіл затвірник (12-13 ст., 24 жовтня) [26]
Феофіл, інок Печерський, брат Іоанна (11-12 ст., 29 грудня) [57].
Серед святих є відомі історичні постаті, біографії яких описано у різному обсязі в «Києво-Печерському патерику», давньоруських літописах тощо. Історична основа більшості печерських житій вкладається лише у стислу агіографічну схему і не може бути перевірена за допомогою паралельних джерел або висвітлена докладніше. Біографічні відомості про багатьох святих або цілком відсутні, або мають легендарний чи напівлегендарний характер. У їх числі 12 греків, будівничих собору Успіння Пресвятої Богородиці, які прибули з Константинополя бл. 1072. За переказом, усі майстри після завершення будівництва постриглись у ченці і назавжди залишились у Києво-Печерському монастирі. Дуже шанованими є мощі Іоанна отрока, варяга, першо-мученика Київського. За монастирською традицією його вважають саме тим юнаком, якого 983 принесли у жертву київські погани й котрий загинув разом зі своїм батьком Феодором. До мощей Іоанна звертаються з проханням про народження дітей через неплідність. Численними чудотворіннями відзначилися мощі княжни Ольшанської Іуліанії, яка померла у віці 16 років (бл. 1550) і була похована біля собору Успіння Пресвятої Богородиці. Її останки, чудесно знайдені за архімандрита Єлисея (Плетенецького) й уславлені за Петра (Могили), поклали спочатку в соборі, де рака постраждала від пожежі 1718. За наказом російської цариці Анни Іоаннівни раку Іуліанії перенесено 1730 у Ближні печери.
Тепер Ближні печери належать діючому монастирю [1458].