Монастир заснований Київським братством — релігійно-просвітницькою організацією православного міського населення, створеною на поч. 17 ст. Навколо братства об'єдналися представники різних верств населення — ремісників, купецтва, духівництва та козацтва, які намагалися протистояти католицькій експансії в умовах входження України до складу Речі Посполитої. Початок монастирю і школі при ньому було покладено 1615, коли киянка Гальшка (Лизавета) Гулевичівна, дружина мозирського маршалка Степана Лозки, подарувала братству свою садибу із землями на Подолі з умовою будівництва на ній монастиря, шпиталю, притулку для прочан, школи для дітей міщан, шляхти і сиріт. Монастир, школа, пізніше колегіум, академія утримувались протягом 17—18 ст. на внески братчиків, милостиню, за рахунок господарства училищного Братського монастиря, добуваючи натуральні і грошові прибутки від наданих гетьманськими універсалами і царськими грамотами сіл та угідь, на прибутки друкарні тощо. 1620 гетьман П. Конашевич-Сагайдачний вступив до Київського братства разом з усім своїм військом, забезпечивши тим самим політичну, воєнну і матеріальну допомогу осередку національного відродження, на який перетворився братський навчальний заклад. Як член братства і титар Києво-Братського училищного монастиря, котрий згодом отримав назву Богоявленського (від Богоявленської соборної церкви), гетьман особисто дбав про розвиток школи, заповів їй значну частину свого майна. Закладену ним традицію — опікунства над школою — продовжили й інші гетьмани Війська Запорозького та України. Безпосередню участь в організації Київської братської школи брали члени братства, відомі вчені Лаврського освітянського осередку на чолі з архімандритом Є. Плетенецьким — П. Беринда, Т. Земка, Л. Зизаній, 3. Копистенський, О. Митура та ін. Першими її ректорами були І. Борецький (1615—19), М. Смотрицький (1619— 20), К. Сакович (1620—24), Ф. Ієвлевич (1628—31). Школа складалася з чотирьох класів: фари (початкового) і трьох «граматичних» — інфими, граматики і синтаксими, пізніше риторики і поетики. Викладалися давньоукраїнська (руська), грецька, латинська, польська мови, а також арифметика, геометрія, поетика, риторика, філософія, астрономія та початки інших наук. Висока освіченість, прогресивне мислення, громадсько-політична діяльність ректорів і викладачів школи мали великий вплив на її розвиток і прямування до вищої школи. Братська школа була відкрита для всіх бажаючих. Заможні батьки платили за навчання дітей, бідняки й сироти утримувалися братством і жили у парафіяльних церковних приміщеннях на Подолі та академічних гуртожитках — бурсі. Наставниками, ректорами, префектами і дидаскалами були ієромонахи і монахи, вчителями могли бути й світські особи. 1632 Братську школу об'єднано за згодою гетьмана І. Петржицького з Лаврською, яка була заснована 1631 архімандритом Києво-Печерського монастиря, видатним просвітником і вченим П. Могилою (з 1632 — митрополит Київський і Галицький). Він відіграв вирішальну роль у розвиткові об'єднаної школи, організації навчального процесу на засадах європейської освітньої системи, забезпеченні школи високоосвіченими викладачами. Навчальний заклад отримав назву колегіуму — так у Західній Європі називали школи вищого типу, а після смерті свого фундатора й опікуна, який заповів йому більшу частину своєї маєтності (хутір Позняки, будинки у Києві, великі кошти і цінності, у т. ч. велику бібліотеку — понад 2 тис. книг тощо), став іменуватися Києво-Могилянським.
Колегіум діяв на території монастиря і під наглядом братства. Очолювали школу ректор, який був одночасно ігуменом монастиря, а також професором богослов'я, і префект. Вони підлягали безпосередньо митрополиту. На поч. 18 ст. колегіум перейшов у відання Синоду. До 1680 курс навчання тривав сім років, складався з восьми класів. В основу навчального процесу закладалися «сім вільних наук»: тривіум — граматика, риторика або поетика, діалектика і квадрівіум — арифметика, геометрія, астрономія, музика. Згодом додалося і богослов'я. Мовою викладання була латинська, але багато уваги приділялося вивченню грецької і церковнослов'янських мов. Колегіум мав у підпорядкуванні школи нижчого типу, організовані П. Могилою у Вінниці (1634, переведена 1639 до м. Гощі на Волині, де існувала до 1672) та Кременці (з 1636). Діяльність колегіуму, який швидко набував значення осередку й захисника національної культури та православної віри, викликала злісну реакцію польського уряду, тому П. Могилі не вдалося отримати для першого в Україні вищого навчального закладу статусу академії. Після тимчасового занепаду в часи Руїни у 17 ст. колегіум досяг розквіту в добу гетьмана І. Мазепи, який опікувався його справами, пожертвував значні кошти на підтримку і розвиток навчального процесу, розширення і нове будівництво споруд монастиря й академії. Юридичні права і статус академії колегіуму було надано царськими грамотами 1694 і 1701. Кількість студентів у 18 ст. коливалася з різних обставин від ста до двох тисяч. Академія складалася з восьми класів, повний курс навчання тривав 12 років. Він був не завжди однаковим, поступово поповнювався новими предметами. Величезну роль в удосконаленні навчального процесу, поліпшенні матеріального становища і новому будівництві в академії відіграв її ревний меценат і реформатор — архієпископ київський (з 1731) і митрополит (1743—47) Р. Заборовський, по смерті якого вона отримала назву Києво-Могиляно-Заборовської.
Протягом 17—18 ст. Києво-Могилянська академія відігравала роль центру інтелектуального життя та духовного єднання українського народу. В її стінах було закладено підґрунтя новітньої української науки: історії, археології, філософії, природознавства, математики, медицини, мовознавства, літературознавства, методології науки. З нею пов'язане становлення української поетичної школи, розвиток образотворчого мистецтва, архітектури, музичної культури, виникнення театру. Впродовж двох століть академія була визначним центром підготовки освітньо-педагогічних і наукових кадрів, політичних, церковних і громадських діячів.
Її ректорами в різний час були такі відомі вчені, культурно-освітні діячі, як І. Трофимович-Козловський, Й. Кононович-Горбацький, І. Ґізель, Л. Баранович, І. Галятовський, В. Ясинський, И. Кроковський, Ф. Прокопович, І. Левицький, С. Ляскоронський, Т. Щербацький, Г. Кониський, С. Кулябка, М. Максимович та ін.
Академія започаткувала українську філософську школу, представлену такими ерудованими вченими, як І. Гізель, Й. Кононович-Горбацький, М. Козачинський, Г. Кониський, І. Кроковський, Ф. Прокопович, Г. Сковорода, С. Яворський та ін. Формування історичної науки, в якій головне місце посіли теми історичної долі українського народу, ідеї незалежності, спадковості України від Київської Русі, єднання слов'ян, пов'язане з науковою працею вихованців і випускників академії. Серед них — Д. Бантиш-Каменський, Л. Баранович, М, Берлинський, І. Галятовський, І. Ґізель, С. Лукомський, М. Маркевич, Я. Маркевич, Ф. Прокопович, В. Рубан, Ф. Сафонович, П. Симоновський, Д, Туптало, С. Яворський, Авторами відомих козацьких літописів також були могилянці — С. Величко, Г. Граб'янка, Самовидець.
Значний внесок у розробку математичних дисциплін зробили І. Запольський, І. Фальковський та ін. Вони викладали у відкритих у 2-й пол. 18 ст. класах чистої, а також змішаної математики такі предмети, як архітектура, механіка, гідростатика, оптика, гідрографія тощо. Курси лекцій професорів академії містили елементи багатьох природничих наук: фізики, біології, зоології, ботаніки, мінералогії. Викладач академії К. Кондратович уклав перший в країні словник ботанічних рослин, Ф. Яновський зібрав велику колекцію морських павуків, яку передав Петербурзькій Кунсткамері. Офіційно клас медицини в академії було відкрито лише 1802, але багато з студентів досягло значних успіхів в медичній науці та практичній діяльності. Серед них — Н. Амбодик-Максимович, С. Андрісвський, М. Гамалія, Й. Калинський-Гелита, І. Полетика, Д. Самойлович, К. Щепін.
З академією пов’язане становлення вітчизняної поетичної школи, до якої належали А. Баранович, И. Горбацький, Л. Горка, М. Довгалевський, М. Козачинський, Г. Кониський,
І. Максимович, О. Митура, С. Полоцький, Ф. Прокопович, Г. Сковорода, Є. Славинецький, С. Яворський. Становлення нового типу освіти вплинуло і на образотворче мистецтво й архітектуру. Графічна школа Київської академії мала загальноукраїнське значення. Тут працювали такі відомі митці, як Д. Галяховський, М. Карновський, Г. Левицький, І. Мигура, Л. Тарасевич, І. Щирський та ін. Випускниками академії були видатні архітектори 18 ст, І. Зарудний та І. Григорович-Барський. Ще у серед. 17 ст. ректор Л. Баранович організував в академії музично-хорову школу, з якої вийшли численні хористи царської капели, музиканти оркестру гетьмана К. Розумовського. Вихованцями академії були композитори М. Березовський, А. Ведель. У стінах академії зародився український театр, для якого спеціально писали твори М. Довгалевський, Г. Кониський, Ф. Прокопович, а колишні студенти стали засновниками театрів у різних містах і селах України, Росії, Білорусі тощо. З Києво-Могилянської академії вийшло чимало державних, політичних, військових діячів. Тут навчалися гетьмани І. Виговський, [І. Мазепа, П. Орлик, П. Полуботок, П. Самойлович, Ю. Хмельницький, козацькі полковники С. Мужиловський і С. Палій, відомі згодом російські державні службовці й політики 3. Безбородько, П. Завадовський, Д. Трощинський та багато інших. З 17 ст. в академії навчалися студенти не лише з України, а й з Росії, Білорусі, Молдови, Валахії, Боснії, Сербії, Чорногорії, Чехії, Словаччини, Греції, Болгарії та інших країн. По закінченні курсу навчання вони відкривали у своїх країнах школи, засновували наукові осередки, бібліотеки, значною мірою вплинули на розвиток літератури і мистецтва.
Могилянцями — вихідцями з України були засновані школи і семінарії майже в усіх великих містах Росії. Перший вищий навчальний заклад Росії — Слов'яно-греко-латинська академія у Москві була зорганізована у 1687 С. Яворським, який став першим її протектором. У 1701—62 в ній працювало 95 професорів із Києво-Могилянської академії, з 21 ректора 18 були могилянцями. «Вчена дружина» Ф. Прокоповича, яка була викликана 1716 із Києва царем Петром І, стала ініціатором заснування Петербурзької академії наук. Вихованці академії були знані за кордоном: С. Почаський 1640 був співзасновником Слов'яно- греко-латинської академії в Яссах (Молдова); І. Полетика 1755 обраний професором Медико-хірургічної академії в Кілі (Німеччина); М. Козалинський 1733—38 організував школу в Карловицях (Сербія) і викладав у ній; В. Григорович-Барський довгий час жив і викладав у Греції. Вчені академії підтримували постійні творчі зв’язки з осередками науки й культури в Європі.
ьіл иивльм(„ьп.ии МІЛІАСІИР
Антиукраїнська політика російського уряду, який скасував наприкінці 18 ст. рештки політичної незалежності України, виявилась і в наступі на її національний духовний центр. Академія втратила підтримку з боку козацької старшини. Кращих викладачів і студентів забирали у вищі навчальні заклади Петербурга і Москви; і обмежили у правах і матеріальному забезпеченні. Академія поступово занепадала, русифікувалася, втрачаючи свій престиж і світський характер. 1786 російська імператриця Катерина II видає указ про переміщення академії до Лаври, секуляризацію маєтків Братського монастиря і відкриття у ньому шпиталю. Але з 1799 монастир відновлюється у своїх правах. 1817 Києво-Могилянську академію було закрито, а натомість, у тому ж році в її приміщенні відкрито духовну семінарію, яку реорганізовано 1819 в Київську духовну академію.
Київська духовна академія — єдиний в дорадянській Україні вищий духовний православний навчальний заклад. На чолі академії стояли ректор, а також конференція і правління. Верховний нагляд за академією мала Комісія духовних училищ, з 1839 — Синод, і 1884 — київський митрополит. Тут одержували освіту не тільки майбутні священики, але й світські діячі науки культури. Термін навчання — чотири роки, програма поділялася на три частини — богословську, церковно-історичну і церковно-практичну. Академічна рада мала право надавати наукові богословські ступені. Число студентів сягало 200. У 1837—1912 при духовній академії видавався щотижневий популярний журнал з питань релігії «Воскресное чтение»; 1860—1919 — щомісячник «Труды Киевской духовной академии», який друкував праці з широкого кола наукових проблем — релігієзнавства, археології, історії, літе-ратурознавства, краєзнавства тощо; 1861—1917 — журнал «Киевские епархиальные ведомости».
У 2-й пол. 19 — на поч. 20 ст. Київська духовна академія набула значення відомого наукового центру, в якому викладали такі знані вчені, як М. Булгаков, О. Булгаков, О. Глаголєв, С. Голубєв, П. Кудрявцев, П. Лашка- рьов, О. Новицький, М. Петров, П. Тер- новський, Ф. Титов, П. Юркевич та ін. Духовну академію у різний час закінчили: економіст К. Воблий, співак і композитор С. Гулак-Артемовський, композитор і диригент О. Кошиць, композитор П. Козицький, письменник І. Нечуй-Левицький, а також багато з її професорів. З 1872 при академії діяло Церковно-історичне та археологічне товариство, що мало на меті науково-дослідну роботу в галузі церковної історії, збирання, вивчення і збереження пам'яток церковної старовини та історії, для чого заснувало перший в Російській імперії Церковно-археологічний музей.
Протягом 17—20 ст. сформувався архітектурний ансамбль Братського Богоявленського монастиря і Київської академії. Первісні споруди були дерев’яними, у тому числі Благовіщенська і Богоявленська церкви. Опис мурованої споруди монастиря дав арабський мандрівник П. Алеппський, котрий 1653 відвідав Київ. Це була трапезна, збудована ще за часів П.Могили, яку одні дослідники співвідносять з існуючими будівлями поварні з келіями, інші – з трапезною з церквою Святого Духа. Основні будівельні роботи і подальший розвиток ансамблю монастиря здійснено наприкінці XVII-XVIII ст. У цей період комплекс набув рис українського бароко. Насамперед це пов’язано з ім’ям гетьмана І. Мазепи, коштом якого 1690-1693 рр. збудовано муровану Богоявленську соборну церкву (архітектор Йосип Старцев). 1703-1704 рр. споруджено перший поверх старого академічного корпусу. 1719 р. на кошти, які заповів академії митрополит Й. Кроковський, поблизу Богоявленської церкви зведено новий дерев’яний будинок бурси (не зберігся). 1740 р. під керівництвом арх. Й.-Ґ. Шеделя поновлено Богоявленську церкву, над старим академічним корпусом надбудовано другий поверх з конґреґаційною залою та Благовіщенською церквою. 1756-1758 рр. замість надбрамної дерев’яної дзвіниці лаврський майстер С. Ковнір будує двоярусну муровану дзвіницю разом з монастирським муром. 1781 споруджено одноповерховий на високому цоколі будинок ігумена. У кін. 18 ст. на подвір’ї монастиря встановлено сонячний годинник. У 1780 ансамбль монастиря постраждав від пожежі, частково згоріла академічна бібліотека.
У 1778 окремо від комплексу академії побудували великий мурований корпус бурси з лікарнею при ній (сучасна вул. Набережно-Хрещатицька, 31). Під час пожежі 1811 на Подолі згоріли всі дерев'яні будівлі та пошкоджено муровані. При відбудові монастирської садиби зменшилися межі, змінився її абрис (раніше мала форму неправильного прямокутника) відповідно до регулярного плану відбудови Подолу. Монастирський ансамбль повністю розкрився на Контрактову площу. Відновленням ансамблю у стилі класицизму (1815—31) керував міський арх. А. Меленський. 1822—25 побудовано новий навчальний корпус духовної академії, 1823 — одноповерховий братський корпус, 1826 — крамниці. 1815 надбудовано третій ярус надбрамної дзвіниці. 1863—64 за проектом єпархіального арх. П. Спарро реконструйовано старий академічний корпус. У 2-й пол. 19 — на поч. 20 ст. реставровано Святодухівську церкву, добудовано монастирський мур, розширено будинок ігумена, крамниці, новий академічний корпус.
Ансамбль Братського Богоявленського монастиря зберігся, але з дуже значними втратами. Ядром його композиції була Богоявленська соборна церква, що містилася у центрі великого академічного подвір'я. Являла собою велику тринавну шестистовпну будівлю з п'ятибанним завершенням, західним притвором. Була розкішно прикрашена ліпленням і живописом (1730—40), з пишно оздобленим у 19 ст. інтер'єром. У ній зберігалися цінні предмети культу починаючи з 17 ст., у т. ч. хрест Єрусалимського патріарха Феофана (1620). У 1825 створено п'ятиярусний іконостас Богоявленської соборної церкви, одночасно розписаний київським худ. І. Квятковським та італійським майстром А. Скотті.
І. Квятковський разом з іншими місцевими малярами написав також ікони для бічних іконостасів і виконав настінні розписи.
У церкві був похований Сагайдачний Петро Кононович (Конашевич-Сагайдачний; ?—1622) — український гетьман, благодійник і захисник Києво-Могилянської академії; поруч з храмом була могила Григоровича-Барського Василя Григоровича (1701—47) — мандрівника, письменника. У 1715—23 навчався в академії, 1723—47 мандрував по Угорщині, Болгарії, Австрії, Румунії, Молдові, Італії, Греції (жив і вчителював), Палестині, Сирії, Аравії, Єгипту. Залишив записки, надруковані 1778.
Найважливішою архітектурною домінантою Богоявленського монастиря і всього Подолу була триярусна надбрамна дзвіниця, розташована з боку площі по осі входу до церкви, з ампірною напівсферичною банею і шпилем, до якої широким півколом прилягали двоповерхові монастирські крамниці. 1935 дзвіницю, церкву і поховання було зруйновано, інші споруди зазнали певних перебудов і втрат. Вони згруповані по периметру прямокутного подвір'я монастиря і академії.
Під час 1-ї світової війни на монастирській садибі розміщувалися військові заклади.
У січні 1918 через бої за Київ та економічну скруту академія припинила навчання, відновлене за часів гетьманату.
У липні 1918 згідно з новим статутом було введено автономію академії, вільний вибір її професорсько-викладацького складу і ректора. У цей час тут навчалося 182 студенти. Із встановленням 1919 у Києві радянської влади духовну академію спочатку відселили з садиби монастиря і змусили перейти на приватні квартири. 1920 академію було ліквідовано. Навесні 1931 після арештів монастирської братії при монастирі налічувалося 18 ченців і послушників. У 1930-х рр. монастир закрито, споруди передано промисловій державній артілі. 1947—50 деякі споруди ансамблю було відбудовано й частково реставровано (архітектори Н. Озерова, Р. Бикова).
Довгий час тут розміщувались Київське вище військово-політичне морське училище, філія Центральної наукової бібліотеки АН УРСР, 15-а клінічна лікарня. На заповідній території зведено нові споруди: житловий будинок (частково на фундаментах Богоявленської церкви), новий корпус лікарні, їдальня. Надбудовано і реконструйовано крамниці, що виходили на Контрактову пл., та перетворено їх у напівкруглий чотириповерховий навчальний корпус.
19 вересня 1991 рішенням Верховної Ради України відновлено діяльність Києво-Могилянської академії на її історичній території як незалежного навчального закладу.
У серпні 1992 відбулося урочисте відкриття Національного університету «Києво-Могилянська академія». Нині у деяких спорудах пам'ятки проводяться ремонтно-реставраційні роботи [203].