Народився у м. Проскурів (тепер — м. Хмельницький). Вищу освіту отримав на фізико-математичному (1900— 04) та історико-філологічному факультетах Київського університету (1904— 09), залишений для підготовки до професорського звання на кафедрі філософії. З 1912 — приват-доцент, з — професор кафедри філософії університету. Одночасно з 1914 — директор Фребелівського інституту в Києві, в якому викладав з 1910. У 1910-х рр. також викладав філософську пропедевтику в гімназіях М. Стельмашенка і К. Крюгер, читав курс вступу до філософії на Вищих жіночих курсах А. Жекуліної.
З 1907 брав участь у роботі Київського релігійно-філософського товариства, ініціатор створення (1914) і голова Київського науково-філософського товариства, голова київського Фребе- лівського товариства сприяння освіті (засноване 1908).
18 працював у вищих навчальних закладах УНР — Українському державному університеті в Києві та Українській педагогічній академії. У травні 1918 призначений міністром ісповідань і церковної політики Української Держави. На цій посаді відстоював ідеї української автокефальної церкви, був прихильником оновлення церковного життя на суто євангельських основах. За власним визнанням, В. Зіньківський — «російський українець», виявив особливу прихильність до ідеї запровадження української мови в церковному житті. З падінням Української Держави емігрував, жив у Белграді, професор філософії Белградського університету (1920—23); завідувач кафедри експериментальної і дитячої психології Вищого педагогічного інституту в Празі,(1923—
25) . Потім жив у Парижі, один із засновників і професор Російського богословського інституту ім. преп. Сергія Радонезького (з 1926), декан (1944). Засновник (1923) і голова (до 1962) Російського студентського християнського руху (РСХР). 1939 заарештований французькими властями, 14 місяців перебував в ув'язненні. 1942 прийняв духовний сан, протоієрей паризької Свято-Введенської домової церкви (РСХД). У цей же час займався науковими дослідженнями з філософії, психології,
педагогіки. Помер і похований у Парижі на російському цвинтарі Сен-Женев'єв де Буа. Основні праці: «Проблеми психологічної причинності» (1914), «Історія російської філософії» (1948—50, т. 1—2), «Апологетика» (1957), «М. В. Гоголь» (1961), «Основи християнської філософії» (1961—64, т. 1—2).
Тепер — житлово-офісний будинок з торговельними приміщеннями на першому поверсі [1845].